1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ctgtattttgttgtggttcttgctcaagccattctaacaactataccgtgaatctatgtgctagattattagctaatctgttaaattgtttgatgtacagGTGGCAGTCCTGTTTTCTGAGTGGTGTCAGATATGTAGTCATGTAAATGCTAGTGATGCAATATACAGTCGTTTTGTCACACAGTTGGAGCAGGATAGTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G461496_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ccgtgaatctatgtgctagattattagctaatctgttaaattgtttgatgtacagGTGGCAGTCCTGTTTTCTGAGTGGTGTCAGATATGTAGTCATGTAAATGCTAGTGATGCAATATACAGTCGTTTTGTCACACAGTTGGAGCAGGATAGTC
taatctgttaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgtattttgttgtggttcttgctcaagccattctaacaactataccgtgaatctatgtgctagattattagctaatctgttaaattgtttgatgtacagGTGGCAGTCCTGTTTTCTGAGTGGTGTCAGATATGTAGTCATGTAAATGCTAGTGATGCAATATACAGTCGTTTTGTCACACAGTTGGAGCAGGATAGTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - tttgttg
- - - - - - - - ttcttgc
- - - - - - - - - - - - - -gccattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgcta