1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tgactgaccttgatttctccttaaacatgcagatatgactgtttgagtttttgttcttctcttcaagtatttcatatttttctttgtttctctttaacagTTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGACCTGCACTTTTTTGTTACTGGAGGAGAAGAAGAGAATGAGCTTATTTT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G431350_T03 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAGAAGTCGGTATTTACCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAAG TTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|211420234|gb|FL011440.1|FL011440
genomic: CGAGAAGTCGGTATTTACCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAAGgtaatttaca ... tctttaacagTTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTATTTACCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAAG TTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|211420229|gb|FL011435.1|FL011435
genomic: CGAGAAGTCGGTATTTACCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAAGgtaatttaca ... tctttaacagTTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTATTTACCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAAG TTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|211420232|gb|FL011438.1|FL011438
genomic: CGAGAAGTCGGTATTTACCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAAGgtaatttaca ... tctttaacagTTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTATTTACCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAAG TTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|211270449|gb|FL011429.1|FL011429
genomic: CGAGAAGTCGGTATTTACCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAAGgtaatttaca ... tctttaacagTTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTATTTACCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAAG TTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
genomic: CGAGAAGTCGGTATTTACCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAAGgtaatttaca ... tctttaacagTTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
agtttttgttcttctcttcaagtatttcatatttttctttgtttctctttaacagTTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGACCTGCACTTTTTTGTTACTGGAGGAGAAGAAGAGAATGAGCTTATTTT
tatttcatatttttct CT-rich tract
tatttcatatttttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgactgaccttgatttctccttaaacatgcagatatgactgtttgagtttttgttcttctcttcaagtatttcatatttttctttgtttctctttaacagTTGAGATTGTAATGTTTGACGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGACCTGCACTTTTTTGTTACTGGAGGAGAAGAAGAGAATGAGCTTATTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT