1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
gtatcaatcctaattaaaactttcataatgttatatcaactagtgtaagtctgggaagattcttggcaatgcagGTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGTGCTGTTGGTGTGGGGAAGCAGAGGCTCAAGTACAGGAAGCTTGTCAATA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G375504_T03 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAG GTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGTEST: gi|211356648|gb|FL094994.1|FL094994
genomic: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAGgtatcaatcc ... ggcaatgcagGTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGT
EST: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAG GTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGTEST: gi|211356643|gb|FL094989.1|FL094989
genomic: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAGgtatcaatcc ... ggcaatgcagGTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGT
EST: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAG GTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGTEST: gi|211356651|gb|FL094997.1|FL094997
genomic: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAGgtatcaatcc ... ggcaatgcagGTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGT
EST: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAG GTAAAAGANCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGTEST: gi|211356652|gb|FL094998.1|FL094998
genomic: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAGgtatcaatcc ... ggcaatgcagGTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGT
EST: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAG GTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGTEST: gi|211176895|gb|FL094988.1|FL094988
genomic: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAGgtatcaatcc ... ggcaatgcagGTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGT
EST: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAG GTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGTEST: gi|211356646|gb|FL094992.1|FL094992
genomic: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAGgtatcaatcc ... ggcaatgcagGTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGT
EST: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAG GTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGT
genomic: GTGATGATGGGCGACTGGCTGTGGGCCGGTTGGGGTGTCTTTGTGAGCAGgtatcaatcc ... ggcaatgcagGTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGT
ctttcataatgttatatcaactagtgtaagtctgggaagattcttggcaatgcagGTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGTGCTGTTGGTGTGGGGAAGCAGAGGCTCAAGTACAGGAAGCTTGTCAATA
ataatgttatatcaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatcaatcctaattaaaactttcataatgttatatcaactagtgtaagtctgggaagattcttggcaatgcagGTAAAAGAGCTGAATGTCTTAGGATACGAGGTGATCCTTGTGACCTCAGGTGCTGTTGGTGTGGGGAAGCAGAGGCTCAAGTACAGGAAGCTTGTCAATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT