1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' | 25 5' 3' |
gttcgtcgcagtccgcccacccacctaggaatccctttcgttttgtttatttccctgatggtgaggaccgaggagccctctagccatgtgtacctaaagtcaaatggctgtaggtttaatttccgttttcctcttcattcatgcgccgtggctacagATCCTGCGGCTGTTCAGCGAGTCTGCAGAGAGCATTACCGGACTCAAGGGGGAGATGGAGGAGGCGAAGAAGCTGCTTGGCAGGAAGAATAAGCACCTCG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G327394_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCACGCCTACCACCACGGCTTCAACAAGGCCATCCAGAACTACTCCCAG ATCCTGCGGCTGTTCAGCGAGTCTGCAGAGAGCATTACCGGACTCAAGGGGEST: gi|211095159|gb|FL286932.1|FL286932
genomic: TGCACGCCTACCACCACGGCTTCAACAAGGCCATCCAGAACTACTCCCAGgttcgtcgca ... gtggctacagATCCTGCGGCTGTTCAGCGAGTCTGCAGAGAGCATTACCGGACTCAAGGGG
EST: TGCACGCCTACCACCACGGCTTCAACAAGGCCATCCAGAACTACTCCCAG ATCCTGCGGCTGTTCAGCGAGTCTGCAGAGAGCATTACCGGACTCAAGGGGEST: gi|67030886|gb|CO459635.1|CO459635
genomic: TGCACGCCTACCACCACGGCTTCAACAAGGCCATCCAGAACTACTCCCAGgttcgtcgca ... gtggctacagATCCTGCGGCTGTTCAGCGAGTCTGCAGAGAGCATTACCGGACTCAAGGGG
EST: TCCAGAACTACTCCCAG ATCCTGCGGCTGTTCAGCGAGTCTGCAGAGAGCATTACCGGACTCAAGGGG
genomic: TCCAGAACTACTCCCAGgttcgtcgca ... gtggctacagATCCTGCGGCTGTTCAGCGAGTCTGCAGAGAGCATTACCGGACTCAAGGGG
aatggctgtaggtttaatttccgttttcctcttcattcatgcgccgtggctacagATCCTGCGGCTGTTCAGCGAGTCTGCAGAGAGCATTACCGGACTCAAGGGGGAGATGGAGGAGGCGAAGAAGCTGCTTGGCAGGAAGAATAAGCACCTCG
gtttaat putative branch site (score: 56)
tttaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcgtcgcagtccgcccacccacctaggaatccctttcgttttgtttatttccctgatggtgaggaccgaggagccctctagccatgtgtacctaaagtcaaatggctgtaggtttaatttccgttttcctcttcattcatgcgccgtggctacagATCCTGCGGCTGTTCAGCGAGTCTGCAGAGAGCATTACCGGACTCAAGGGGGAGATGGAGGAGGCGAAGAAGCTGCTTGGCAGGAAGAATAAGCACCTCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
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