Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tttttgtctagtttactagtgtccaagctacattgaccgcttgcttaattagtcaccagatcaaggattctcttgcataagaaattttgttttttcccagATTGCAGCTAAGCCAGAAGAAAAGGCGGAAGAAGAGCAAGAATTCCCATTAGAAGTCATCTCAAATGCTGGAGGTGTACCCATAGTGATGGATGAAACTA
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.taattagtcaccagatcaaggattctcttgcataagaaattttgttttttcccagATTGCAGCTAAGCCAGAAGAAAAGGCGGAAGAAGAGCAAGAATTCCCATTAGAAGTCATCTCAAATGCTGGAGGTGTACCCATAGTGATGGATGAAACTA
gcttaat putative branch site (score: 4)
ttttgttttttccc putative PPT
ataagaaattttgttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tttttgtctagtttactagtgtccaagctacattgaccgcttgcttaattagtcaccagatcaaggattctcttgcataagaaattttgttttttcccagATTGCAGCTAAGCCAGAAGAAAAGGCGGAAGAAGAGCAAGAATTCCCATTAGAAGTCATCTCAAATGCTGGAGGTGTACCCATAGTGATGGATGAAACTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - -agctaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -cgcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtcacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataagaaa