1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtcagtactagattactgcttgtcacatattcagcattgtaatttgtaatgtaccaaatcacttagtcgtcatgcactttgtcgttttacgtttgtgttgtagTTTGAGATGGGGGAACCCAAGATGTGCCAGATTATCTGCAAAGCAAAAATTGATGATAAACAGGCAAAGGAGCTTAAGGAAAAAATAGAGGATGAGTATC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G180575_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGAAGTT-TGCGTGGTGATCGCATTGAGAACTCTCCTTATGTG TTTGAGATGGGGGAACCCAAGATGTGCCAGATTATCTGCAAAGCAAAAATTEST: gi|78117912|gb|DV536299.1|DV536299
genomic: AGAAGTTCTGCGTGGTGATCGCATTGAGAACTCTCCTTATGTGgtcagtacta ... tgtgttgtagTTTGAGATGGGGGAACCCAAGATGTGCCAGATTATCTGCAAAGCAAAAATT
EST: ATCTTGGAGAAGTTCTGCGTGGTGATCGCATTGAGAACTCTCCTTATGTG TTTGAGATGGGGGAACCCAAGATGTGCCAGATTATCTGCAAAGCAAAAATTEST: gi|160481645|gb|EY254215.1|EY254215
genomic: ATCTTGGAGAAGTTCTGCGTGGTGATCGCATTGAGAACTCTCCTTATGTGgtcagtacta ... tgtgttgtagTTTGAGATGGGGGAACCCAAGATGTGCCAGATTATCTGCAAAGCAAAAATT
EST: ATCTTGGAGAAGTTCTGCGTGGTGATCGCATTGAGAACTCTCCTTATGTG TTTGAGATGGGGGAACCCAAGATGTGCCAGATTATCTGCAAAGCAAAAATT
genomic: ATCTTGGAGAAGTTCTGCGTGGTGATCGCATTGAGAACTCTCCTTATGTGgtcagtacta ... tgtgttgtagTTTGAGATGGGGGAACCCAAGATGTGCCAGATTATCTGCAAAGCAAAAATT
atgtaccaaatcacttagtcgtcatgcactttgtcgttttacgtttgtgttgtagTTTGAGATGGGGGAACCCAAGATGTGCCAGATTATCTGCAAAGCAAAAATTGATGATAAACAGGCAAAGGAGCTTAAGGAAAAAATAGAGGATGAGTATC
tttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcagtactagattactgcttgtcacatattcagcattgtaatttgtaatgtaccaaatcacttagtcgtcatgcactttgtcgttttacgtttgtgttgtagTTTGAGATGGGGGAACCCAAGATGTGCCAGATTATCTGCAAAGCAAAAATTGATGATAAACAGGCAAAGGAGCTTAAGGAAAAAATAGAGGATGAGTATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG