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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttggacccacgtattacgttgaactttgcgagaaattacgaattttactagttatataaggagttatatgtttcattattttatttgtatctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCATGCAAGAAAGCTTCTATTAAAAAGGTGGTTGTAACATCATCTATGGCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G179981_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G179981_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g34480.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
ttggacccacgtattacgttgaactttgcgagaaattacgaat-tttactagttatataaggagttatatgtttca--ttattttatttgtatctctttt-------cagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCATGCAAGAAAGCTTCTATTAAAAAGGTGGTTGTAACATCATCTATGGCTG
           | ||   |  |  ||    || ||  |  | | | |  |  |  | ||   | ||| || |||||   |  |||| |  |   | |||        ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||| || || |||||||||||||| |||| ||  ||  | || |||||||| |||||||
----------atgttgactgaagtttcataagtaaacagtattatcttgttttcttctatatatttacatttttcacgctgatttactccttgttttttaaaaaaaacagGCTGAGTTACTTGACCCTGCAGTCAAAGGAACCCTTAATGTTCTAGGCTCCTGCAAGAAAGCTTCCATTAGAAGAGTTATCGTGACATCATCCATGGCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71428917|gb|DR809967.1|DR809967
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|71533539|gb|DR784298.1|DR784298
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|67012392|gb|CO441141.1|CO441141
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|60356125|gb|DN223098.1|DN223098
EST:     TCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211499421|gb|FL397263.1|FL397263
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|71765987|gb|DR963924.1|DR963924
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|32839668|gb|CD979349.1|CD979349
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211532845|gb|FL377060.1|FL377060
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTC
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EST: gi|33103333|gb|CF063293.1|CF063293
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATCCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211147701|gb|FL418244.1|FL418244
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EST: gi|211139758|gb|FL422241.1|FL422241
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAA
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EST: gi|211187663|gb|FL416611.1|FL416611
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211271884|gb|FL420619.1|FL420619
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGYTCAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|33103356|gb|CF063316.1|CF063316
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EST: gi|22819317|gb|BU499407.1|BU499407
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211307505|gb|FL415784.1|FL415784
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211264092|gb|FL400959.1|FL400959
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211027571|gb|FL411221.1|FL411221
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|33103049|gb|CF063009.1|CF063009
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATCCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACCACTCAATGTTCTCGGTTC
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EST: gi|211128181|gb|FL371856.1|FL371856
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTMAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTTAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211174711|gb|FL404351.1|FL404351
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACT
genomic: CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACT
EST: gi|91054819|gb|EB165237.1|EB165237
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTCAG                         GCCGAGTTACTTGACCCACCAGTTAAGGGAACACTCATTGTTC
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EST: gi|149026877|gb|EE046228.2|EE046228
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GGAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211054851|gb|FL421741.1|FL421741
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211496363|gb|FL389436.1|FL389436
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTT
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EST: gi|211185449|gb|FL425704.1|FL425704
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211363805|gb|FL409340.1|FL409340
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|71770068|gb|DR968005.1|DR968005
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211191690|gb|FL377661.1|FL377661
EST:     CTGTATTTNATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGG
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EST: gi|211363169|gb|FL383531.1|FL383531
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAATTACTTGACCCAGCAGTTAAAGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211452209|gb|FL399780.1|FL399780
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|85151863|gb|DW587537.1|DW587537
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211348062|gb|FL030219.1|FL030219
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211379200|gb|FL377352.1|FL377352
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211048009|gb|FL383290.1|FL383290
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
genomic: CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
EST: gi|33094381|gb|CF054375.1|CF054375
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
genomic: CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
EST: gi|211459364|gb|FL419817.1|FL419817
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|26559681|gb|CA831916.1|CA831916
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
genomic: CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
EST: gi|211035404|gb|FL428694.1|FL428694
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
genomic: CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
EST: gi|149100821|gb|EE186915.2|EE186915
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211210042|gb|FL411834.1|FL411834
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
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EST: gi|211472020|gb|FL423399.1|FL423399
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
genomic: CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
EST: gi|211461887|gb|FL419829.1|FL419829
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
genomic: CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
EST: gi|211212798|gb|FL419177.1|FL419177
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EST:     TGTATTTCATACTCGCCTCTCCCTTTTATCMCAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
genomic: TGTATTTCATACT-GCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
EST: gi|6194652|gb|AW146756.1|AW146756
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
genomic: CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
EST: gi|211184476|gb|FL377617.1|FL377617
EST:     CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAG                         GCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA
genomic: CTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 256

TAGCCTGCTAGAAGAGGGTTCTTTCGATGCTGCAGTTCATGGATGCGACACTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCATGCAAGAAAGCTTCTATTAAAAAGGTGGTTGTAACATCATCTATGGCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 695

TAGCCTGCTAGAAGAGGGTTCTTTCGATGCTGCAGTTCATGGATGCGACACTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCATGCAAGAAAGCTTCTATTAAAAAGGTGGTTGTAACATCATCTATGGCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 915

TAGCCTGCTAGAAGAGGGTTCTTTCGATGCTGCAGTTCATGGATGCGACACTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCATGCAAGAAAGCTTCTATTAAAAAGGTGGTTGTAACATCATCTATGGCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 292

TAGCCTGCTAGAAGAGGGTTCTTTCGATGCTGCAGTTCATGGATGCGACACTGTATTTCATACTGCCTCTCCCTTTTATCACAATGTCAAGGATGCTAAGgtttgtttaa ... ctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCATGCAAGAAAGCTTCTATTAAAAAGGTGGTTGTAACATCATCTATGGCTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tactagttatataaggagttatatgtttcattattttatttgtatctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCATGCAAGAAAGCTTCTATTAAAAAGGTGGTTGTAACATCATCTATGGCTG
                                      tttgtatctcttttc  CT-rich tract
      ttatataaggagttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttggacccacgtattacgttgaactttgcgagaaattacgaattttactagttatataaggagttatatgtttcattattttatttgtatctcttttcagGCAGAGTTACTTGACCCAGCAGTTAAGGGAACACTCAATGTTCTCGGTTCATGCAAGAAAGCTTCTATTAAAAAGGTGGTTGTAACATCATCTATGGCTG

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