1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...acgaactcagaaatctctgaataataatcagttaattacttaaataagtcacggcttaatttttgcctctttgttctaaagccccactaccatcttacagTTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTGGGGAGAGAATCAAGGAACGGATATTACAAGCG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G170532_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAG TTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTGEST: gi|18168069|gb|BM337909.1|BM337909
genomic: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAGgtttcattgt ... catcttacagTTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTG
EST: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAG TTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTGEST: gi|18166092|gb|BM335931.1|BM335931
genomic: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAGgtttcattgt ... catcttacagTTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTG
EST: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAG TTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTGEST: gi|18173601|gb|BM348989.1|BM348989
genomic: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAGgtttcattgt ... catcttacagTTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTG
EST: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAG TTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGAAAAEST: gi|18175793|gb|BM350979.1|BM350979
genomic: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAGgtttcattgt ... catcttacagTTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTG
EST: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAG TTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTGEST: gi|18175280|gb|BM350651.1|BM350651
genomic: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAGgtttcattgt ... catcttacagTTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTG
EST: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAG TTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGAAAGEST: gi|17931962|gb|BM268922.1|BM268922
genomic: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAGgtttcattgt ... catcttacagTTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTG
EST: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAG TTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTGEST: gi|17931672|gb|BM268632.1|BM268632
genomic: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAGgtttcattgt ... catcttacagTTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTG
EST: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAG TTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTG
genomic: TGTTAATTTTGCAAGAAGTGGTGGTCCTGGTGGTCAGAATGTTAACAAAGgtttcattgt ... catcttacagTTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTG
aagtcacggcttaatttttgcctctttgttctaaagccccactaccatcttacagTTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTGGGGAGAGAATCAAGGAACGGATATTACAAGCG
ttctaaa putative branch site (score: 2)
ccatctt putative PPT
ttaattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acgaactcagaaatctctgaataataatcagttaattacttaaataagtcacggcttaatttttgcctctttgttctaaagccccactaccatcttacagTTAACACAAAGGTTGACATGCGATTCAATGTTAAGGAAGCTCACTGGCTTGGGGAGAGAATCAAGGAACGGATATTACAAGCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA