Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgcccgaggctgggtggattggcttgtgatgtatgctttgattcgttggttagttggttgattcggtgtttgattggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAGAGTGTCCAGAGTGAGGTGCGCACCAGTTCCGGCATGTTCCTCGAGAAGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G168506_T02
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G168506_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os10g27340.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtgagtgcccgaggctgggtgg-attggcttgtgatgtatgctttgattcgttggttagttggttgattcggtgtttgattggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAGAGTGTCCAGAGTGAGGTGCGCACCAGTTCCGGCATGTTCCTCGAGAAGA
|||||||  |   |  |  |     | | |   |  | || |   ||  | || |     | || ||||     || |||| ||   |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||  ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
gtgagtgtacactgtggcatcccgctcgatctcgccgcattcggggaaccttttgggtaatagtggattga---ttcgatttgt---agGCGAAGGACAAGCTGGAGAAGTCGATGGTGGCGGACAACGAGTCCGGGAAGAGCGTCATGAGCGAGGTGCGGACCAGCTCCGGCATGTTCCTCGAGAAGA

upper sequence: GRMZM2G168506_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA19G02110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
----------gtgagtgcccgag-gctgggtggattgg-cttgtgatgtatgctttgattcgttg-gtta-gttggttgattcggtgtttgattggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAGAGTGTCCAGAGTGAGGTGCGCACCAGTTCCGGCATGTTCCTCGAGAAGA
           |||   |   ||   |||||  |  || | | |  |||  | ||| ||   |    ||| |||   ||  |   ||||||  ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  | |||||||| ||  |   ||||||  |  | || ||||| || ||||| ||| | ||| 
cgactgcattttgaaacctttagcattgggtttaagggacatcttttgtggggttttatatatcatattatgttctatgtctgaatgtttg--tggtattagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCAGATAATGATTCCGGTAAAAGCATAATGAGTGATATCAGAACGAGTTCTGGGATGTTTCTCAACAAGG

upper sequence: GRMZM2G168506_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA13G04940.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
--gtgagtgcccgaggctgggtggattggctt---gtgatgtatgctttgattcgttggttagttggttg-attcggtgtttgattggttga------agGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAGAGTGTCCAGAGTGAGGTGCGCACCAGTTCCGGCATGTTCCTCGAGAAGA
     |      ||  |     | ||||| ||   | ||  | |  | ||     ||   || |   ||   |||  ||| ||| || |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||| ||  |   |||||| ||  | || ||||| || ||||| ||| | ||| 
ctactacattttgaaacctttagcattgggtttaagggagatcttttatggggttttatatattatattatgttctatgtctgaatgtttgtgatattagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCAGATAACGAGTCTGGTAAAAGCATAATGAGTGAAGTCAGAACGAGTTCTGGGATGTTTCTCAACAAGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211165313|gb|FK988373.1|FK988373
EST:     TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTG                         GCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
genomic: TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTGgtgagtgccc ... ttggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
EST: gi|94475796|gb|EB704754.1|EB704754
EST:     TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTG                         GCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
genomic: TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTGgtgagtgccc ... ttggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
EST: gi|18384715|gb|BM417914.1|BM417914
EST:     TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTG                         GCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
genomic: TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTGgtgagtgccc ... ttggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
EST: gi|50334167|gb|CO529293.1|CO529293
EST:     TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTG                         GCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
genomic: TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTGgtgagtgccc ... ttggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
EST: gi|211166978|gb|FK988389.1|FK988389
EST:     TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTG                         GCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGT
genomic: TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTGgtgagtgccc ... ttggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGT
EST: gi|61118824|gb|DN559785.1|DN559785
EST:     TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTG                         GCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
genomic: TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTGgtgagtgccc ... ttggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
EST: gi|211165314|gb|FK988374.1|FK988374
EST:     TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTG                         GCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
genomic: TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTGgtgagtgccc ... ttggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
EST: gi|211165312|gb|FK988372.1|FK988372
EST:     TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTG                         GCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGT
genomic: TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTGgtgagtgccc ... ttggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGT
EST: gi|211166970|gb|FK988381.1|FK988381
EST:     TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTG                         GCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
genomic: TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTGgtgagtgccc ... ttggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
EST: gi|211166976|gb|FK988387.1|FK988387
EST:     TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTG                         GCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG
genomic: TGCACAAGGGTTTCCTGTTGGATGCGGAGTGCGACCACCTCATCGCGCTGgtgagtgccc ... ttggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtatgctttgattcgttggttagttggttgattcggtgtttgattggttgaagGCCAAGGACAAGCTGGAGAAGTCTATGGTGGCGGACAACAAGTCCGGTAAGAGTGTCCAGAGTGAGGTGCGCACCAGTTCCGGCATGTTCCTCGAGAAGA
                                       gtttgat  putative branch site (score: 5)
        tttgatt  TA-rich tract