1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttaacatatatgacatattttgtgtatatcaatgcccctttagatatgtttttttttctaaaaaacactgcacatttgaattacataaggatgcatacagGAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTGTTTAAGAAGACATTTGGCATGCGCAAGCCAGCTCCTCTTATTCTGCCCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G161658_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTGCCGCTTCCAG GAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTGEST: gi|60356303|gb|DN223276.1|DN223276
genomic: ATGTGCCGCTTCCAGgtaaacaagt ... atgcatacagGAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTG
EST: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAG GAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTGEST: gi|211338614|gb|FL266224.1|FL266224
genomic: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAGgtaaacaagt ... atgcatacagGAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTG
EST: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAG GAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTGEST: gi|149055255|gb|EE156183.2|EE156183
genomic: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAGgtaaacaagt ... atgcatacagGAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTG
EST: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAG GAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATEST: gi|211338616|gb|FL266226.1|FL266226
genomic: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAGgtaaacaagt ... atgcatacagGAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACAT
EST: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAG GAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTGEST: gi|6918586|gb|AW400116.1|AW400116
genomic: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAGgtaaacaagt ... atgcatacagGAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTG
EST: GACCACTACATG-GCCGCTTCCAG GAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTGEST: gi|211266834|gb|FK956436.1|FK956436
genomic: GACCACTACATGTGCCGCTTCCAGgtaaacaagt ... atgcatacagGAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTG
EST: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAG GAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTGEST: gi|149205511|gb|ES701107.1|ES701107
genomic: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAGgtaaacaagt ... atgcatacagGAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTG
EST: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAG GAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTG
genomic: AGGCCATCAGAGCTGCCTGCGGCGAAGACCACTACATGTGCCGCTTCCAGgtaaacaagt ... atgcatacagGAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTG
atgtttttttttctaaaaaacactgcacatttgaattacataaggatgcatacagGAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTGTTTAAGAAGACATTTGGCATGCGCAAGCCAGCTCCTCTTATTCTGCCCA
ttctaaa putative branch site (score: 20)
tttttttctaaaaaac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttaacatatatgacatattttgtgtatatcaatgcccctttagatatgtttttttttctaaaaaacactgcacatttgaattacataaggatgcatacagGAATTTGGTGTTGCTGAAGCTGAATTTGCTCTATATGACATCAAGTGGGTGTTTAAGAAGACATTTGGCATGCGCAAGCCAGCTCCTCTTATTCTGCCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - -caatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actgcac