1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtatgtgtctttttgtgaaagtaaactagcaatttgtcgaaggtttctatggatgctgtgatgcacaggtactgatgatgggctctgttgctctaaactatgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATTCAAAGTTCACAGTGAAGCCTTCTTTCGGGATAATGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G161566_T03 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATTEST: gi|32928190|gb|CF033002.1|CF033002
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: CTGTGGGG-AGATCCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATTEST: gi|56461974|gb|CK986272.1|CK986272
genomic: CTGTGGGGAAGAT-CATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATTEST: gi|37398941|gb|CF636791.1|CF636791
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: AGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATTEST: gi|60342476|gb|DN209449.1|DN209449
genomic: AGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: TCGTTCTTTGATAG TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATTEST: gi|213191774|gb|FM182092.1|FM182092
genomic: TCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATTEST: gi|60355769|gb|DN222742.1|DN222742
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: GAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: GAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
ctgtgatgcacaggtactgatgatgggctctgttgctctaaactatgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATTCAAAGTTCACAGTGAAGCCTTCTTTCGGGATAATGAG
taaactatgtttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtgtctttttgtgaaagtaaactagcaatttgtcgaaggtttctatggatgctgtgatgcacaggtactgatgatgggctctgttgctctaaactatgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATTCAAAGTTCACAGTGAAGCCTTCTTTCGGGATAATGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC