1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtgagcagcctcgattgctgagaaggagagaagatttgatgttgccgatgatgttatgtgaatagtcacttttggtcttctgttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G161337_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCG GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAEST: gi|211185608|gb|FL204172.1|FL204172
genomic: GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: GAGGGATGGCACCCCAMAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCG GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGANACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAEST: gi|60401378|gb|DN234185.1|DN234185
genomic: GAGGGATGGCA-CCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: GAATCCTTCTCCG GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAEST: gi|32846234|gb|CD985915.1|CD985915
genomic: GAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: CGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCG GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAEST: gi|60400588|gb|DN233395.1|DN233395
genomic: CGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: GAATCCTTCTCCG GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAEST: gi|32798334|gb|CD950570.1|CD950570
genomic: GAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCG GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAEST: gi|71447101|gb|DR828151.1|DR828151
genomic: GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCG GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAEST: gi|32795466|gb|CD947702.1|CD947702
genomic: GGAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTCCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGA
EST: GAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCTNCCG GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAG
genomic: GAGGGATGGCACCCACAGCAGATCGACGAGCTCCCTGAATCCTTCT-CCGgtgagcagcc ... ttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAG
gatgttgccgatgatgttatgtgaatagtcacttttggtcttctgttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGA
atttgat putative branch site (score: 5)
tcttctgttctt putative PPT
atgttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagcagcctcgattgctgagaaggagagaagatttgatgttgccgatgatgttatgtgaatagtcacttttggtcttctgttcttgatagGTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC