ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

gtatgcaagttcgctaaacccaagtttcaccattatataaatttgtttgtctataattaagtgattctcttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGCTGGAACAAATTGGTTAATGTTTGAGTTGCTGTGGAGAGATTTCTTCAG

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G158662_T01
intron #	2
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G158662_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g22330.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2

------------------------------gtatgcaagttcgcta-aacccaagttt-caccattatataaatttgtttgtctataattaagtgattctct-tcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGCTGGAACAAATTGGTTAATGTTTGAGTTGCTGTGGAGAGATTTCTTCAG
                              | | |  | |   ||| ||  || |  | |   | | | |    ||  ||||   |||||      |||||  || |  |||||||||||| |  || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
gtacaggatatttctgaacagcatagggagggaagacaatatactacaatacatgactgcgttactctttccgctt--ttgtacgtaattggcaatttctccctcattacagAGCAATTCCATCGGGATCAACACCCAAGAATGGTGATGGCACATCTGATGCTGGTACAAATTGGTTAATGTTCGAATTGCTATGGAGAGATTTCTTCAG

upper sequence: GRMZM2G158662_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G02110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2

------------gtatgcaagttcgctaaacccaagtttcaccattat-ataaatttgtttgtctataattaagtgattctcttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATG---ATGGCACATCTGATGCTGGAACAAATTGGTTAATGTTTGAGTTGCTGTGGAGAGATTTCTTCAG
             | ||    |  | | ||    | | |     || | || |||  | | |    | | |     ||| | ||  |  |||||  ||| ||  |  ||| |  |  ||  ||  ||   ||||| | ||     |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||   
gtctgtggtcttttgtgttgttctgtttaagggtattattgtttttgttatgaatagggtggatactcactggtgaattgtattgctgacagAGTCATTTCTGCTTCGTCCAACCGGAATGATGGTGGTAATGGCTCGTCCAGAACTGGAACAAATTGGTTGATGTTTGAGTTGCTATGGAGGGACTTCTTT--

upper sequence: GRMZM2G158662_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G02240.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1

-------------gtatgcaagttcgctaaacccaagtttcaccatta-tataaatttgtttgtctataattaagtgattctcttcttcccagAGCAATTCCT-TTTGGGTCAACACCCAAGA--ATAATGATGGCACATCTGATGCTGGAACAAATTGGTTAATGTTTGAGTTGCTGTGGAGAGATTTCTTCAG
              | ||    |  | |  |    | | |     ||  ||| |||  | |      | | |     ||| | ||  |  |||||| ||| ||  || ||   |||   | ||   |  | ||||| | ||       || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||   
gtctgtggtctttttgtgttgttctgtttgagggtattattgttcttggtatgaatagggtgtatactcactggtgaattgtattactgacagAGCCATTTCTGCTTCGGCGGACAAGAACGATGGTGGTAATGGCTCGTCCAGAAACGGTACAAATTGGTTGATGTTTGAGTTGCTATGGAGGGACTTCTTT--

upper sequence: GRMZM2G158662_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT2G47590.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2

gtatgcaagttcgct-aaacccaagtttcaccattatataaatttgtttgtctataattaagtgattctcttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGCTGGAACAAATTGGTTAATGTTTGAGTTGCTGTGGAGAGATTTCTTCAG
    | ||  || |  |||| |||     ||  ||    ||| |    ||   ||| | |||||    | |   ||  |     |||| |||    | |    |  || |     | ||  |    ||| | |||   || |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||
----gtaatgtctcagaaacgcaaa----acacttcaggaaactctggtgaacatagt-aagtg----tatgtgtctaattatcattc-tttgaaatgattttctcagGA-----ACGGACCGGGAGATACAGGACTCAACTGGTTAATGTATGAGTTGCTATGGAGGGATTTCTTCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|40336651|gb|CK370721.1|CK370721

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|76914107|gb|DV165407.1|DV165407

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|211004228|gb|FL439467.1|FL439467

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32921447|gb|CF026259.1|CF026259

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|74240099|gb|DT648013.1|DT648013

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32923148|gb|CF027960.1|CF027960

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGACACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32920320|gb|CF025132.1|CF025132

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|37393753|gb|CF634142.1|CF634142

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32922007|gb|CF026819.1|CF026819

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32923136|gb|CF027948.1|CF027948

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32920266|gb|CF025078.1|CF025078

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32925031|gb|CF029843.1|CF029843

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGAGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|71435910|gb|DR816960.1|DR816960

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|94475869|gb|EB704827.1|EB704827

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|149069800|gb|EE158186.2|EE158186

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32922306|gb|CF027118.1|CF027118

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|149099430|gb|EE185469.2|EE185469

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|94479086|gb|EB708044.1|EB708044

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|110195779|gb|EC877676.1|EC877676

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|78116091|gb|DV534479.1|DV534479

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|37396211|gb|CF635393.1|CF635393

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTTTGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|50334996|gb|CO530122.1|CO530122

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32921224|gb|CF026036.1|CF026036

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32926218|gb|CF031030.1|CF031030

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32923560|gb|CF028372.1|CF028372

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|71762343|gb|DR960280.1|DR960280

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32921262|gb|CF026074.1|CF026074

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32921613|gb|CF026425.1|CF026425

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|76908974|gb|DV163161.1|DV163161

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32922206|gb|CF027018.1|CF027018

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAAAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32921696|gb|CF026508.1|CF026508

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCGACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32921938|gb|CF026750.1|CF026750

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32926803|gb|CF031615.1|CF031615

EST:     TACCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|86473550|gb|DY239920.1|DY239920

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|83278195|gb|DV942203.1|DV942203

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|149106207|gb|EE291900.2|EE291900

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32922666|gb|CF027478.1|CF027478

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAG-AAT-ATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32828358|gb|CD968036.1|CD968036

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|50334995|gb|CO530121.1|CO530121

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32923395|gb|CF028207.1|CF028207

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32922653|gb|CF027465.1|CF027465

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32922165|gb|CF026977.1|CF026977

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|71440273|gb|DR821323.1|DR821323

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|149094894|gb|EE180473.2|EE180473

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|71772788|gb|DR970713.1|DR970713

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|6194601|gb|AW146705.1|AW146705

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

EST: gi|32922371|gb|CF027183.1|CF027183

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGNC-AANTGATGGCACATCTGATG
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAA-TGATGGCACATCTGATG

EST: gi|32921485|gb|CF026297.1|CF026297

EST:     TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAA                         AGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC
genomic: TGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGC

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 87

TATATGGTGCTAATTTCTCTTGCAAAATTTCTCCATGGCTTGCTACAGGTTGCCTCTCTCCACGGTTCATGTATGAGGAGTTGAAGAAGCATGCTACTAAgtatgcaagt ... ttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGCTGGAACAAATTGGTTAATGTTTGAGTTGCTGTGGAGAGATTTCTTCAG

Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 360

Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 189

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 151

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcaccattatataaatttgtttgtctataattaagtgattctcttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGCTGGAACAAATTGGTTAATGTTTGAGTTGCTGTGGAGAGATTTCTTCAG

                                     tgattctcttcttccc  CT-rich tract
       attatataaatttgtt  TA-rich tract

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcaagttcgctaaacccaagtttcaccattatataaatttgtttgtctataattaagtgattctcttcttcccagAGCAATTCCTTTTGGGTCAACACCCAAGAATAATGATGGCACATCTGATGCTGGAACAAATTGGTTAATGTTTGAGTTGCTGTGGAGAGATTTCTTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA