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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatattgcaataaacagtacattgttggatgtttcaatggaaatctttggtcacctattgcttgcattattttttcatgtttcactactcttaaccatcattacattgttggcttaattcttgttgatctgactcctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G158237_T03
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211434807|gb|FL427281.1|FL427281
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211431653|gb|FL404571.1|FL404571
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211093050|gb|FL420421.1|FL420421
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCNGTTCCAAAAACAGTTK
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTC-GTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211109670|gb|FL337450.1|FL337450
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|30704819|gb|CD058611.1|CD058611
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211300966|gb|FL391501.1|FL391501
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211229694|gb|FL389659.1|FL389659
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211256545|gb|FL390498.1|FL390498
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|67015837|gb|CO444586.1|CO444586
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211521053|gb|FL387965.1|FL387965
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCYATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211182577|gb|FL404772.1|FL404772
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211534860|gb|FL340389.1|FL340389
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211057736|gb|FL416996.1|FL416996
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|88755062|gb|DY539203.1|DY539203
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAAAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211402954|gb|FL382690.1|FL382690
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211194087|gb|FL377670.1|FL377670
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211373857|gb|FL385822.1|FL385822
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211211751|gb|FL376364.1|FL376364
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|78080821|gb|DV509233.1|DV509233
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211061094|gb|FL320234.1|FL320234
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211341298|gb|FL394244.1|FL394244
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAWTTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|26558040|gb|CA830275.1|CA830275
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|76922696|gb|DV169126.1|DV169126
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|91877249|gb|EB407206.1|EB407206
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|31355561|gb|CD439918.1|CD439918
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211076170|gb|FL369895.1|FL369895
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|21843567|gb|BQ704148.1|BQ704148
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
EST: gi|211163731|gb|FL337956.1|FL337956
EST:     AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAG                         GTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
genomic: AGTTACTCACAGGGTCTACCTAGATGTAGAAATTGATGGCCAACACATAGgtatattgca ... ctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaaccatcattacattgttggcttaattcttgttgatctgactcctaattgcagGTAGAATTGTTATTGGTCTCTATGGGGAGGTCGTTCCAAAAACAGTTG
                                           tcctaat  putative branch site (score: 2)
                                          ctcct  CT-rich tract
                       ttaattctt  TA-rich tract