1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...taattttttatttaaggtttgtgcaccaattttatgtgatgaccaaagtcaactcttttcaagtgaaataatgagcctcattctttccttttggttgcagGGCTGCCACAAAGCATTCCCAGTCTGCCAGTAATGCATTTTTGAGAGATGACCATGCTGCTGCCAAGGAACTTTCTCTCAGAGCTCAGGAAGAGCGGGCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G158069_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTGATGATGAATACTTCAGCTACCGGAAAGATGCATTGAAAATGATGAG GGCTGCCACAAAGCATTCCCAGTCTGCCAGTAATGCATTTTTGAGAGATGAEST: gi|33467120|gb|CF244169.1|CF244169
genomic: ATTGATGATGAATACTTCAGCTACCGGAAAGATGCATTGAAAATGATGAGgtatgatgaa ... ttggttgcagGGCTGCCACAAAGCATTCCCAGTCTGCCAGTAATGCATTTTTGAGAGATGA
EST: ATTGATGATGAATACTTCAGCTACCGGAAAGATGCATTGAAAATGATGAG GGCTGCCACAAAGCATTCCCAGTCTGCCAGTAATGCATTTTTGAGAGATGAEST: gi|60355066|gb|DN222039.1|DN222039
genomic: ATTGATGATGAATACTTCAGCTACCGGAAAGATGCATTGAAAATGATGAGgtatgatgaa ... ttggttgcagGGCTGCCACAAAGCATTCCCAGTCTGCCAGTAATGCATTTTTGAGAGATGA
EST: ATTGATGATGAATACTTCAGCTACCGGAAAGATGCATTGAAAATGATGAG GGCTGCCACAAAGCATTCCCAGTCTGCCAGTAATGCATTTTTGAGAGATGAEST: gi|71302356|gb|DR787296.1|DR787296
genomic: ATTGATGATGAATACTTCAGCTACCGGAAAGATGCATTGAAAATGATGAGgtatgatgaa ... ttggttgcagGGCTGCCACAAAGCATTCCCAGTCTGCCAGTAATGCATTTTTGAGAGATGA
EST: GCATTGAAAATGATGAG GG-TGCCCACAAAGCATTCCCAGTCTGCCAGTAATGCATTTTTGAGAGATG
genomic: GCATTGAAAATGATGAGgtatgatgaa ... ttggttgcagGGCTG-CCACAAAGCATTCCCAGTCTGCCAGTAATGCATTTTTGAGAGATG
aagtcaactcttttcaagtgaaataatgagcctcattctttccttttggttgcagGGCTGCCACAAAGCATTCCCAGTCTGCCAGTAATGCATTTTTGAGAGATGACCATGCTGCTGCCAAGGAACTTTCTCTCAGAGCTCAGGAAGAGCGGGCA
cctcattctttccttt CT-rich tract
tgaaataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taattttttatttaaggtttgtgcaccaattttatgtgatgaccaaagtcaactcttttcaagtgaaataatgagcctcattctttccttttggttgcagGGCTGCCACAAAGCATTCCCAGTCTGCCAGTAATGCATTTTTGAGAGATGACCATGCTGCTGCCAAGGAACTTTCTCTCAGAGCTCAGGAAGAGCGGGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - gtgcacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgatg