1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tcttgattcatttttgtttgaagtgagctattttaggtttagagtctgaaacaactgcaaataccttattcgagatattattttcttttgttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAACTTGCCTGCTGAAGAGGTCCCTCCTGAACTGCCAGAGCCAGCTCTTGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G153087_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGKACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211268210|gb|FL248426.1|FL248426
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211265771|gb|FL248408.1|FL248408
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|76292992|gb|DV032560.1|DV032560
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211268209|gb|FL248425.1|FL248425
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211265767|gb|FL248404.1|FL248404
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|71326250|gb|DR799818.1|DR799818
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211265779|gb|FL248416.1|FL248416
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|76282004|gb|DV021572.1|DV021572
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211268204|gb|FL248420.1|FL248420
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|71772104|gb|DR970041.1|DR970041
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|149014987|gb|EE044728.2|EE044728
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211265775|gb|FL248412.1|FL248412
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|37416887|gb|CF646095.1|CF646095
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211265773|gb|FL248410.1|FL248410
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211265772|gb|FL248409.1|FL248409
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|78075129|gb|DV503563.1|DV503563
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211265769|gb|FL248406.1|FL248406
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211268203|gb|FL248419.1|FL248419
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|76013927|gb|DT941097.1|DT941097
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211265778|gb|FL248415.1|FL248415
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211268206|gb|FL248422.1|FL248422
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211265780|gb|FL248417.1|FL248417
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|211265776|gb|FL248413.1|FL248413
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAEST: gi|71311486|gb|DR792098.1|DR792098
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
EST: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG AGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAA
ctgaaacaactgcaaataccttattcgagatattattttcttttgttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAACTTGCCTGCTGAAGAGGTCCCTCCTGAACTGCCAGAGCCAGCTCTTGG
ttattttcttttgttt CT-rich tract
agatattattttcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcttgattcatttttgtttgaagtgagctattttaggtttagagtctgaaacaactgcaaataccttattcgagatattattttcttttgttttgcacagAGAAGGAGAACTTATGTTTATATGGACTTCCTAATGAGACATGGGAAATAAACTTGCCTGCTGAAGAGGTCCCTCCTGAACTGCCAGAGCCAGCTCTTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- -tgattca
- - - - - - -ttgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caactgc