Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgttaattatgtagttgactagttgagccatcactgcctttacagcgctccttaccttcttcctttccctttgatataatgatcccgtgctgacctcagcagcatatgtattttataatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTACTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G150251_T02
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|91870069|gb|EB400685.1|EB400685
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|32797772|gb|CD950008.1|CD950008
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTA
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTA
EST: gi|32803071|gb|CD955307.1|CD955307
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTG
EST: gi|60353103|gb|DN220076.1|DN220076
EST:     TTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: TTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|60349110|gb|DN216083.1|DN216083
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|32796372|gb|CD948608.1|CD948608
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTA
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTA
EST: gi|76020573|gb|DT947743.1|DT947743
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211139849|gb|FK978970.1|FK978970
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTNGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTNGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|76282341|gb|DV021909.1|DV021909
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211139848|gb|FK978969.1|FK978969
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCMAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACYCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211138916|gb|FK978964.1|FK978964
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211138918|gb|FK978966.1|FK978966
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211138912|gb|FK978960.1|FK978960
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211139847|gb|FK978968.1|FK978968
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|30031840|gb|CB833691.1|CB833691
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGGGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211138913|gb|FK978961.1|FK978961
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211138914|gb|FK978962.1|FK978962
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211138919|gb|FK978967.1|FK978967
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGSTG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATG-TG
EST: gi|32800677|gb|CD952913.1|CD952913
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTAGTTA
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTA
EST: gi|211138917|gb|FK978965.1|FK978965
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|93282675|gb|EB674939.1|EB674939
EST:     CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTG                         GTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: CTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 123

GGCATCTTGCTAGTCTTCTTCCAGATTGCTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTACTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 55

GGCATCTTGCTAGTCTTCTTCCAGATTGCTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTACTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 104

GGCATCTTGCTAGTCTTCTTCCAGATTGCTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTACTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAA


Block sizes: 46 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 128

GGCATCTTGCTAGTCTTCTTCCAGATTGCTTCCTAATAATGATGACACATGAATGGGCTGCCAATTTGGCTCTTGCTGgtacgttaat ... taatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTACTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgatataatgatcccgtgctgacctcagcagcatatgtattttataatatgcagGTCTGAGCTTGGCGCCGCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTACTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAA
                 tgctgac  putative branch site (score: 128)
                              agcatatgtattttat  TA-rich tract