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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtcgtctcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggaggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGCTGCGGCTGGACTTCGCCGTCGCAGCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G146206_T04
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G146206_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtgagtcgtctcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggtt-gtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggaggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGCTGCGGCTGGACTTCGCCGTCGCAGCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGG
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-----------------gtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtt-tggagttggatcgattcatgaatcgatctggtgct-----gatctgtgggtttgtttatttatt---ttaattttttttgggtg--cagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGCTCCGGCCGGACTTCTCCGTCGCCGCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGG

upper sequence: GRMZM2G146206_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g62420.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
gtgagtcgtctcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggtt-gtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggaggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGCTGCGGCTGGACTTCGCCGTCGCAGCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGG
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----------------------------tcccctcccgagggcgttgtt-tggagttggatcgattcatgaatcgatctggtgct-----gatctgtgggtttgtttatttatt---ttaattttttttgggtg--cagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGCTCCGGCCGGACTTCTCCGTCGCCGCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30160646|gb|CB924375.1|CB924375
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGC
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EST: gi|211416108|gb|FL411159.1|FL411159
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EST: gi|6021382|gb|AW066310.1|AW066310
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGC
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EST: gi|38568995|gb|CF974880.1|CF974880
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EST: gi|211076634|gb|FL394053.1|FL394053
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EST: gi|211387019|gb|FL373417.1|FL373417
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EST: gi|149095398|gb|EE181040.2|EE181040
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EST: gi|74242319|gb|DT650233.1|DT650233
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EST: gi|111146727|gb|EE258280.1|EE258280
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EST: gi|211450227|gb|FL406328.1|FL406328
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EST: gi|211176657|gb|FL426231.1|FL426231
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EST: gi|149097486|gb|EE183358.2|EE183358
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EST: gi|28566674|gb|CB278322.1|CB278322
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EST: gi|34391231|gb|CF384459.1|CF384459
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EST: gi|78077610|gb|DV506044.1|DV506044
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EST: gi|149105684|gb|EE291242.2|EE291242
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EST: gi|33770896|gb|CF273190.1|CF273190
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EST: gi|148995363|gb|EE034577.2|EE034577
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EST: gi|28187879|gb|CB179489.1|CB179489
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EST: gi|211140432|gb|FL390021.1|FL390021
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGC
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EST: gi|33770918|gb|CF273212.1|CF273212
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGC
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... aggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGC
EST: gi|211405784|gb|FL400096.1|FL400096
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGC
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... aggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGC
EST: gi|67017127|gb|CO445876.1|CO445876
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTAAAGGGGCTGC
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EST: gi|31360263|gb|CD444620.1|CD444620
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EST: gi|71330645|gb|DR802096.1|DR802096
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EST: gi|37361129|gb|CF602418.1|CF602418
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCG                         AGGTGATGGTGAGTCCGCCGTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGC
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EST: gi|34391269|gb|CF384497.1|CF384497
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genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... aggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGC
EST: gi|30160504|gb|CB924233.1|CB924233
EST:     GATCGTCACCGTGCTCAACGAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGGTGAGCAG                  
genomic: GATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGA---CGTC-GT---C-Ggtgagtcgtc ... agg

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 80

AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... aggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGCTGCGGCTGGACTTCGCCGTCGCAGCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 206

AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... aggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGCTGCGGCTGGACTTCGCCGTCGCAGCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 71

AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... aggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGCTGCGGCTGGACTTCGCCGTCGCAGCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 461

AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc ... aggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGCTGCGGCTGGACTTCGCCGTCGCAGCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggaggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGCTGCGGCTGGACTTCGCCGTCGCAGCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGG
              tgctgat  putative branch site (score: 461)
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtcgtctcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggaggtgagcagAGGTGGTGGTGAGTCCGCCTTTCGTTTTTCTGCAGCAGGTCAAGGGGCTGCTGCGGCTGGACTTCGCCGTCGCAGCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA