1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttttctggatgtgttttaacatttttatgatgcaaccttttatttgttctcatatataacatcgccatgtctgacatgctgcgtcttacttcaaacccagAGGGATACAACTGGTCTAACTGCTGAAAATAGGGAGCTCAAGCTTCGGCTGCAGTCCATGGAAGAGCAGGCTAAACTGCGCGACG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G146020_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTGCAGGCGGAGGCCACTAGGCTGTCAAGCACAGCTCACCCTGCTCCAG AGGGGATACAACTGGTCTAATTGCTGAAAATAGGGAGCTCAAGCTTCGGCTEST: gi|71445716|gb|DR826766.1|DR826766
genomic: TCTGCAGACGGAGGCCACTACGCTGTC-AGCACAGCTCACCCTGCTCCAGgtatggggtt ... tcaaacccagA-GGGATACAACTGGTCTAACTGCTGAAAATAGGGAGCTCAAGCTTCGGCT
EST: CTCTGCAGACGGAGGCCACTACGCTGTCAGCACAGCTCACCCTGCTCCAG AGGGATACAACTGGTCTAACTGCTGAAAATAGGGAGCTCAAGCTTCGGCTGEST: gi|60399461|gb|DN232273.1|DN232273
genomic: CTCTGCAGACGGAGGCCACTACGCTGTCAGCACAGCTCACCCTGCTCCAGgtatggggtt ... tcaaacccagAGGGATACAACTGGTCTAACTGCTGAAAATAGGGAGCTCAAGCTTCGGCTG
EST: CGGAGGCCACTACGCTGTCAGCACAGCTCACCCTGCTCCAG AGGGATACAACTGGTCTAACTGCTGAAAATAGGGAGCTCAAGCTTCGGCTGEST: gi|149102162|gb|EE188103.2|EE188103
genomic: CGGAGGCCACTACGCTGTCAGCACAGCTCACCCTGCTCCAGgtatggggtt ... tcaaacccagAGGGATACAACTGGTCTAACTGCTGAAAATAGGGAGCTCAAGCTTCGGCTG
EST: GCACAGCTCACCCTGCTCCAG AGGGATACAACTGGTCTAACTGCTGAAAATAGGGAGCTCAAGCTTCGGCTG
genomic: GCACAGCTCACCCTGCTCCAGgtatggggtt ... tcaaacccagAGGGATACAACTGGTCTAACTGCTGAAAATAGGGAGCTCAAGCTTCGGCTG
gttctcatatataacatcgccatgtctgacatgctgcgtcttacttcaaacccagAGGGATACAACTGGTCTAACTGCTGAAAATAGGGAGCTCAAGCTTCGGCTGCAGTCCATGGAAGAGCAGGCTAAACTGCGCGACG
gtcttac putative branch site (score: 3)
tcttacttc CT-rich tract
atatataacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttttctggatgtgttttaacatttttatgatgcaaccttttatttgttctcatatataacatcgccatgtctgacatgctgcgtcttacttcaaacccagAGGGATACAACTGGTCTAACTGCTGAAAATAGGGAGCTCAAGCTTCGGCTGCAGTCCATGGAAGAGCAGGCTAAACTGCGCGACG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - ctggatg
- - - - - - - - - - - - - -tgatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgctgc