1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...tcagtgagacagctctcactgctgcaccaggccccggtgaatatgttaaaacaaatgctatagcaacttaagttcttgtgactgaatttgatggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAAGGGCAAGAGTTCAATTTCACAATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G144730_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAAEST: gi|88749445|gb|DY533586.1|DY533586
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAGgtatatctct ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAA
EST: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAAEST: gi|148981227|gb|EE027511.2|EE027511
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAGgtatatctct ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAA
EST: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAAEST: gi|148928929|gb|EC873987.2|EC873987
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAGgtatatctct ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAA
EST: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAAEST: gi|149048881|gb|EE048381.2|EE048381
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAGgtatatctct ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAA
EST: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAAEST: gi|78075400|gb|DV503834.1|DV503834
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAGgtatatctct ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAA
EST: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAAEST: gi|148958744|gb|EC905021.2|EC905021
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAGgtatatctct ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAA
EST: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGAAATGTTATTGCCATCATGCTGGACACTAAGgtatatctct ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAA
ttaaaacaaatgctatagcaacttaagttcttgtgactgaatttgatggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAAGGGCAAGAGTTCAATTTCACAATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACA
atttgat putative branch site (score: 116)
aatttgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcagtgagacagctctcactgctgcaccaggccccggtgaatatgttaaaacaaatgctatagcaacttaagttcttgtgactgaatttgatggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATTATGCTCAGTGAAGGGCAAGAGTTCAATTTCACAATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - -actgctg
- - - - - - - - - - - - - ccaggcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actgaat