Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatgcttgtcttgttcttgaggttgttcctaaagtgtccactctctacatttgagatcctgatgtgctatactttttgttggttgtctacatattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAAGAACTTATTCAAGCTTGTAAGCCCGCACTTGAGTCTGATCATATCACCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G142984_T02
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G142984_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g38620.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
---atatgcttgtcttgttcttgaggttgttcctaaagtgtccactctctacatttgagatcctgatgtgctatactttttgtt-ggttgtctacatattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAAGAACTTATTCAAGCTTGTAAGCCCGCACTTGAGTCTGATCATATCACCA
      |  |   ||| || || |  | |     | | |||    ||  | |   ||  ||  |||  | |  |  | || ||    |||  |   | || ||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || || |||||||| || ||  || ||||||
gattcctattgagcttatttttaatttcgac---atattgtttggtccttgctgatgtaatgatga-atacctttttattggtccatttggatttttttttcagATTGCATTTCCTGACGCTGTTTACTTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGGAAAGAACTTATTGAAGCTTGCAAACCAGCACTTGAATCAGAATATGTCACCA

upper sequence: GRMZM2G142984_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA14G10520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
atatgcttgtcttgttcttgaggttgttcctaaagtgtccactc-tctacatttgagatcctgatgtgctatactttttgttggttgtctacatattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAAGAACTTATTCAAGCTTGTAAGCCCGCACTTGAGTCTGATCATATCACCA
 | |     | || ||  ||   ||||   || ||| |    |  | ||| | |       |  ||   || | |||   |||  | |     |  ||||||||||||| || |||||||| ||| | |||||||| ||||| || ||| | || |||||   ||| |||||||| |||||||||||| || | ||||| |
-tttagggatttttttaatgtttttgtgagtagagtatatggtgatttacttgtattgcattcttggcatagaatttcaattgagttttgtgtttctgcagCTTGCATTTCCGGATGCTGTGTACTTGGTTGATGCGATTGAAGGGGGAGAGGAGCTTATCATAGCGTGTAAGCCTGCACTTGAGTCTAATTACATCACAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67014473|gb|CO443222.1|CO443222
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211299166|gb|FL411034.1|FL411034
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|149070923|gb|EE159330.2|EE159330
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211426112|gb|FL387512.1|FL387512
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|149000223|gb|EE037369.2|EE037369
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211288495|gb|FL414818.1|FL414818
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCT
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCT
EST: gi|89758395|gb|DY687589.1|DY687589
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211321691|gb|FL409781.1|FL409781
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211062502|gb|FL371367.1|FL371367
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211515755|gb|FL378376.1|FL378376
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211338816|gb|FL389703.1|FL389703
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCYGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211298560|gb|FL375542.1|FL375542
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211256766|gb|FL400906.1|FL400906
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|149102743|gb|EE188274.2|EE188274
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211301280|gb|FL410221.1|FL410221
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|67016231|gb|CO444980.1|CO444980
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|148965239|gb|EC906094.2|EC906094
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211448014|gb|FL403750.1|FL403750
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211115805|gb|FL350299.1|FL350299
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|148995982|gb|EE035233.2|EE035233
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
EST: gi|211487590|gb|FL383666.1|FL383666
EST:     ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAG                         CTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA
genomic: ACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 256

AGTCGAGTTTCTTGAACCCTCAGCTGCCCAGAAGTTGGTAATTGGATTTGACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAAGAACTTATTCAAGCTTGTAAGCCCGCACTTGAGTCTGATCATATCACCA


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 619

AGTCGAGTTTCTTGAACCCTCAGCTGCCCAGAAGTTGGTAATTGGATTTGACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAAGAACTTATTCAAGCTTGTAAGCCCGCACTTGAGTCTGATCATATCACCA


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 636

AGTCGAGTTTCTTGAACCCTCAGCTGCCCAGAAGTTGGTAATTGGATTTGACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAAGAACTTATTCAAGCTTGTAAGCCCGCACTTGAGTCTGATCATATCACCA


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 549

AGTCGAGTTTCTTGAACCCTCAGCTGCCCAGAAGTTGGTAATTGGATTTGACTGTGAAGGTGTTGATCTCTGCCGCAATGGTGCTCTCTGTATTATGCAGgtgagcaaaa ... catattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAAGAACTTATTCAAGCTTGTAAGCCCGCACTTGAGTCTGATCATATCACCA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctacatttgagatcctgatgtgctatactttttgttggttgtctacatattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAAGAACTTATTCAAGCTTGTAAGCCCGCACTTGAGTCTGATCATATCACCA
            tcctgat  putative branch site (score: 549)
                       tatacttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atatgcttgtcttgttcttgaggttgttcctaaagtgtccactctctacatttgagatcctgatgtgctatactttttgttggttgtctacatattgcagCTTGCATTCCCTGATGCTGTTTACCTAGTTGATGCTATTGAGGGTGGAAAAGAACTTATTCAAGCTTGTAAGCCCGCACTTGAGTCTGATCATATCACCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- -tgcttgt
- - - - - - -gttcttg
- - - - - - - - - - - - tgttcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctgatg