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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaataacgccgccctgccccttgtttatccgcctgcctgcgtattttgtttcctttctttttcttcttgttggatttctcatggctgttggttgcacgcgcgcgcatcgcgggggctaatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGCTCGCCGCCGCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G133331_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89764378|gb|DY691211.1|DY691211
EST:     CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCA                         GCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
genomic: CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCAgtaataacgc ... taatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
EST: gi|101391801|gb|EB817829.1|EB817829
EST:     CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCA                         GCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
genomic: CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCAgtaataacgc ... taatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
EST: gi|71448696|gb|DR829746.1|DR829746
EST:     CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCA                         GCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
genomic: CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCAgtaataacgc ... taatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
EST: gi|76931345|gb|DV172707.1|DV172707
EST:     CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCA                         GCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
genomic: CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCAgtaataacgc ... taatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
EST: gi|93017001|gb|EB642521.1|EB642521
EST:     CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCA                         GCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
genomic: CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCAgtaataacgc ... taatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
EST: gi|71311268|gb|DR791947.1|DR791947
EST:     CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCA                         GCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
genomic: CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCAgtaataacgc ... taatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
EST: gi|71773720|gb|DR971616.1|DR971616
EST:     CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCA                         GCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
genomic: CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCAgtaataacgc ... taatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
EST: gi|76923172|gb|DV169368.1|DV169368
EST:     CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCA                         GCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
genomic: CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCAgtaataacgc ... taatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
EST: gi|71330993|gb|DR802318.1|DR802318
EST:     CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCA                         GCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
genomic: CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCAgtaataacgc ... taatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
EST: gi|50329600|gb|CO524726.1|CO524726
EST:     CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCA                         GCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
genomic: CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCAgtaataacgc ... taatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
EST: gi|91868422|gb|EB400029.1|EB400029
EST:     CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCA                         GCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC
genomic: CCACGGCAGGGACGGCGCCACCTTCCTCCTCCCCGAGCTCCTCCAGCGCAgtaataacgc ... taatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggatttctcatggctgttggttgcacgcgcgcgcatcgcgggggctaatgtgaagGCCCCAACCCCAGCTCCAAGTCCTCCAGCGCCGCCACCTTCGTGCCGCCGCTCGCCGCCGCG
                                          ggctaat  putative branch site (score: 3)