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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctactggttagattgggttctcttgcatcatgtaaaatacttgtgccattttttactggagtgttaaactcttttttacaacattggaatctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAGAAGAAACTTCCTGGGATTGCCTCAAACCTGAGGTTTTTGCTGCAATAAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G131249_T03
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G131249_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g06330.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
----ctactggttagattgggttctcttgcatcatgtaaaatacttgtgccattttttactggagtgttaaactcttttttacaacattggaatctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAGAAGAAACTTCCTGGGATTGCCTCAAACCTGAGGTTTTTGCTGCAATAAT
      | |   ||  |   |  |   | | |||  |     |   |||    ||| |  |      ||  ||  | | ||     | |||   ||  |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  || || ||||||||||||||||  |||||
cgtagcagtaaatatttctagaacaacttcttcaaatttgtcatgagtgttcatttgttttatttactttgacattatgttg----actggtgactacatgcagGAGTTACCAGAGTATTCTTTGGATCCGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAGAGGAAACTTCTTGGGACTATCTTAAGCCTGAGGTTTTTGCTGTGATAAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32911598|gb|CF016410.1|CF016410
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EST: gi|211494388|gb|FL426452.1|FL426452
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211501968|gb|FL391661.1|FL391661
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
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EST: gi|211313872|gb|FL427618.1|FL427618
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EST: gi|211468783|gb|FL386724.1|FL386724
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATT
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATT
EST: gi|211303071|gb|FL387948.1|FL387948
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTT
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTT
EST: gi|67024319|gb|CO453068.1|CO453068
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|20301480|gb|BQ164423.1|BQ164423
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EST: gi|211423867|gb|FL405822.1|FL405822
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
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EST: gi|89755071|gb|DY685633.1|DY685633
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EST: gi|211120945|gb|FL412611.1|FL412611
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EST: gi|211423962|gb|FL408857.1|FL408857
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EST: gi|38502507|gb|CF972367.1|CF972367
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EST: gi|20802985|gb|BQ294035.1|BQ294035
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGT
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGT
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EST: gi|22546310|gb|BU098621.1|BU098621
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTGGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGACTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
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EST: gi|211143041|gb|FL393206.1|FL393206
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTG
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EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
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EST: gi|71436813|gb|DR817863.1|DR817863
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EST: gi|211490894|gb|FL401535.1|FL401535
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTG
EST: gi|211006481|gb|FL416482.1|FL416482
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EST: gi|211267134|gb|FL426700.1|FL426700
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATC
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EST: gi|9742490|gb|BE518653.1|BE518653
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EST: gi|76012527|gb|DT939697.1|DT939697
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EST: gi|211240333|gb|FL372804.1|FL372804
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EST: gi|211303135|gb|FL392459.1|FL392459
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EST: gi|22472228|gb|BU036708.1|BU036708
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|108953674|gb|EC364835.1|EC364835
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EST: gi|17921487|gb|BM259138.1|BM259138
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EST: gi|211321445|gb|FL398306.1|FL398306
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211536540|gb|FL409973.1|FL409973
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genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211080127|gb|FL417794.1|FL417794
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genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTG
EST: gi|211062793|gb|FL382542.1|FL382542
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGAWTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|94475082|gb|EB704040.1|EB704040
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211373877|gb|FL387101.1|FL387101
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATC
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATC
EST: gi|211453971|gb|FL381464.1|FL381464
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTA
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTA
EST: gi|29946797|gb|CB816330.1|CB816330
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGNTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211066217|gb|FL412135.1|FL412135
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211214243|gb|FL370038.1|FL370038
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211225562|gb|FL386130.1|FL386130
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGT
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGT
EST: gi|211214248|gb|FL370043.1|FL370043
EST:     TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGAYTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|211150110|gb|FL386526.1|FL386526
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
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EST: gi|17921814|gb|BM259465.1|BM259465
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genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
EST: gi|84980471|gb|DW530820.1|DW530820
EST:     TCGGACTGCGATGATATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATG                         GAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG
genomic: TCGGACTGCGATGACATCCCCTTTGGCTAAGTCGCTTTTTGCTATTGATGgtacatttat ... ctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccattttttactggagtgttaaactcttttttacaacattggaatctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAGAAGAAACTTCCTGGGATTGCCTCAAACCTGAGGTTTTTGCTGCAATAAT
                                            tctctat  CT-rich tract
                  ttaaactctttttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ctactggttagattgggttctcttgcatcatgtaaaatacttgtgccattttttactggagtgttaaactcttttttacaacattggaatctctatgcagGAGTAACCAGGGTATTCTTTGGATCTGATTTTGTAACTGTTACAAAATCAGAAGAAACTTCCTGGGATTGCCTCAAACCTGAGGTTTTTGCTGCAATAAT

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