Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttaacccactaaccttttagataaacatatagacactaactgtattccgtttgatggttattgcttctgttttacctcattggccattttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCAATGGCTCACGTACTGGGTGCTGTACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G130548_T03
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G130548_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g51290.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtaagttaacccactaaccttttagataaacatatagacactaactgtattccgtttgatggttattgcttctgttttacctcattggccattttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCAATGGCTCACGTACTGGGTGCTGTACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTC
||||||||  |||  |   | ||   ||   | ||| | ||  ||| | || | ||   | |||                || ||||| ||  ||  |||| ||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||
gtaagttactccagcactttcttttgtatgta-ataaatacatact-tcttgcattc--tagtt----------------ctgattggacaccttt-acagATATGCATCTGTTCGAGCGATAGAAACAAAATCTGCTGTAGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTGTTGTACTCGTTTATCACTCTATTTGAGCTC

upper sequence: GRMZM2G130548_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA04G33880.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
--------gtaagttaacccactaaccttttagataaacatatagacactaactgtattccgtttgatggttattgcttctgttttacctcattggccattttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCAATGGCTCACGTACTGGGTGCTGTACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTC
         | | ||  |    |    || |   | ||  ||| |      | || ||   | |||||  | || | || || |||   | | |     ||     ||| |||||||| ||||| |||||||| |  || ||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| || ||||| || || || || 
tgtttgtttttattttgctggttcttgttatgtgttaagctattgttggagaatgaata--gattgat--tcatggtttgtgatttctttgaataatgctt-----cagATATGCCTCGGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCAATGGCTCACTTATTGGGTTCTCTACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTT

upper sequence: GRMZM2G130548_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtaagttaacccactaaccttttagataaacatatagacactaactgtattccgtttgatgg-ttattgcttctgttttacctcattggccattttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCAATGGCTCACGTACTGGGTGCTGTACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTC
  | ||     |  |||  | |    | ||  | |      ||  | | |        || | ||    ||| ||||||       |||   | ||  |||| ||||||||  |||| |||||||| || || ||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||  | ||||| || |||||||||
-catgtatgttctataatatgtggtttgaatgtttgtgttttagttttctgagagaaaattgcttgaaacttttgttttggtgggctggtt-tctttgacagATATGCCTCAATTAGGGCAATTGAGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211067671|gb|FL012971.1|FL012971
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|67010741|gb|CO439490.1|CO439490
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|47961743|gb|CN844452.1|CN844452
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACANGATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|58030053|gb|CX725480.1|CX725480
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|18649488|gb|BM498307.1|BM498307
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067662|gb|FL012962.1|FL012962
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067666|gb|FL012966.1|FL012966
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|18649240|gb|BM498059.1|BM498059
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070402|gb|FL012977.1|FL012977
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070409|gb|FL012984.1|FL012984
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067664|gb|FL012964.1|FL012964
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067667|gb|FL012967.1|FL012967
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070406|gb|FL012981.1|FL012981
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|111990559|gb|EE332006.1|EE332006
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|29945355|gb|CB815597.1|CB815597
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067670|gb|FL012970.1|FL012970
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|5439382|gb|AI820303.1|AI820303
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067668|gb|FL012968.1|FL012968
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070404|gb|FL012979.1|FL012979
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211064938|gb|FL012959.1|FL012959
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070403|gb|FL012978.1|FL012978
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067665|gb|FL012965.1|FL012965
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067676|gb|FL012976.1|FL012976
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|45567900|gb|CK985803.1|CK985803
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211064940|gb|FL012961.1|FL012961
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|9732626|gb|BE511378.1|BE511378
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070408|gb|FL012983.1|FL012983
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|87153170|gb|DY397959.1|DY397959
EST:     GCTTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|50337773|gb|CO532899.1|CO532899
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070407|gb|FL012982.1|FL012982
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|193503515|gb|AM937704.1|AM937704
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211064939|gb|FL012960.1|FL012960
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070405|gb|FL012980.1|FL012980
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211383033|gb|FK976891.1|FK976891
EST:     GCCTTTGGTTTCACTT-CGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|91877109|gb|EB407066.1|EB407066
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211070410|gb|FL012985.1|FL012985
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|32909041|gb|CF013853.1|CF013853
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067674|gb|FL012974.1|FL012974
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|5005775|gb|AI711837.1|AI711837
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067672|gb|FL012972.1|FL012972
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067663|gb|FL012963.1|FL012963
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|32863713|gb|CF003395.1|CF003395
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|211067669|gb|FL012969.1|FL012969
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|18450405|gb|BM428683.1|BM428683
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
EST: gi|109179579|gb|EC380083.1|EC380083
EST:     GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCT                         GTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA
genomic: GCCTTTGGTTTCACTTGCGTATCCTCTgtaagttaac ... ttttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtattccgtttgatggttattgcttctgttttacctcattggccattttccacagGTATGCCTCTGTTAGAGCAATTGAAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCAATGGCTCACGTACTGGGTGCTGTACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTC
       gtttgat  putative branch site (score: 5)
                                          ccattttcc  putative PPT
                          tgtttta  TA-rich tract