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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccccattgtatatatatatatttatttcgcttggtggtagattgcatatatattaacagaggactaacatacaatgatatgcatgtaactaactgcgcagAACGCCGTGGAGCGGCCGCCGAGGTTCGCCGGAGGGTGGACAGGCGCTTACGTCATCAACTCCTTCGTGGTGGCGTGGGTGCTGGTGGTCGGCTTCGGCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G129413_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G129413_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os10g05690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
ccccattgtatatatatatatttatttcgcttggtggtagattgcatata-tattaacagaggac--taacatacaatgatatgcatgtaactaactgcgcagAACGCCGTGGAGCGGCCGCCGAGGTTCGCCGGAGGGTGGACAGGCGCTTACGTCATCAACTCCTTCGTGGTGGCGTGGGTGCTGGTGGTCGGCTTCGGCT
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cttcttgaaatatgcttatagctgactta--tagtcagctattgtacctgctatcacgagatgatagtaattaataactgattggattggattggat-tgcagAACGCGGTGGAGCGGCCGCCGAGGTTCGCCGGAGGATGGACGGGGGCGTACGTGATAAACTCGTTCGTGGTGGCGTGGGTGCTGGTGGTCGGCTTCGGCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148969115|gb|EE019851.2|EE019851
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|76287615|gb|DV027183.1|DV027183
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EST: gi|101399717|gb|EB821705.1|EB821705
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|71761914|gb|DR959851.1|DR959851
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
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EST: gi|91876450|gb|EB406407.1|EB406407
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EST: gi|76934268|gb|DV173794.1|DV173794
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EST: gi|78122540|gb|DV540924.1|DV540924
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EST: gi|93283079|gb|EB675343.1|EB675343
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
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EST: gi|38687557|gb|CK144588.1|CK144588
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EST: gi|149094594|gb|EE180125.2|EE180125
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EST: gi|86469385|gb|DY235755.1|DY235755
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EST: gi|71325090|gb|DR799232.1|DR799232
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EST: gi|71321309|gb|DR797363.1|DR797363
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EST: gi|71306828|gb|DR789571.1|DR789571
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EST: gi|78120844|gb|DV539228.1|DV539228
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EST: gi|88757319|gb|DY541460.1|DY541460
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EST: gi|89251640|gb|DY623426.1|DY623426
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EST: gi|148955506|gb|EC901124.2|EC901124
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EST: gi|76016988|gb|DT944158.1|DT944158
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EST: gi|86469117|gb|DY235487.1|DY235487
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
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EST: gi|88750108|gb|DY534249.1|DY534249
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EST: gi|50329601|gb|CO524727.1|CO524727
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EST: gi|76016252|gb|DT943422.1|DT943422
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EST: gi|88754662|gb|DY538803.1|DY538803
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EST: gi|71769529|gb|DR967466.1|DR967466
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
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EST: gi|78104904|gb|DV523322.1|DV523322
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EST: gi|86465747|gb|DY232120.1|DY232120
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EST: gi|89757159|gb|DY686878.1|DY686878
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EST: gi|76288581|gb|DV028149.1|DV028149
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EST: gi|88756273|gb|DY540414.1|DY540414
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EST: gi|71444683|gb|DR825733.1|DR825733
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
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EST: gi|76018186|gb|DT945356.1|DT945356
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EST: gi|91878030|gb|EB407987.1|EB407987
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EST: gi|76020106|gb|DT947276.1|DT947276
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EST: gi|94474543|gb|EB703501.1|EB703501
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
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EST: gi|78088748|gb|DV517141.1|DV517141
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
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EST: gi|71417708|gb|DR804181.1|DR804181
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
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EST: gi|71758475|gb|DR956412.1|DR956412
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|93013246|gb|EB638766.1|EB638766
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|78081626|gb|DV510038.1|DV510038
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|78079452|gb|DV507864.1|DV507864
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|76910760|gb|DV164019.1|DV164019
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|78125113|gb|DV543497.1|DV543497
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|76290803|gb|DV030371.1|DV030371
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|76280947|gb|DV020515.1|DV020515
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|76933294|gb|DV173401.1|DV173401
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|74242152|gb|DT650066.1|DT650066
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|71757548|gb|DR955485.1|DR955485
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|76010992|gb|DT938162.1|DT938162
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|89249698|gb|DY621484.1|DY621484
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|78114040|gb|DV532429.1|DV532429
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|74239529|gb|DT647443.1|DT647443
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|91875689|gb|EB405646.1|EB405646
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|148959290|gb|EC905367.2|EC905367
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|88757715|gb|DY541856.1|DY541856
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
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EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
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EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
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EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCGGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
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EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
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EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
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EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
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EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|91050393|gb|EB160811.1|EB160811
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|76011360|gb|DT938530.1|DT938530
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|148991656|gb|EE033195.2|EE033195
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|78075036|gb|DV503470.1|DV503470
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|78087285|gb|DV515678.1|DV515678
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|86472293|gb|DY238663.1|DY238663
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA
EST: gi|89755754|gb|DY686056.1|DY686056
EST:     TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAG                         AACGCCGTGGA
genomic: TCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 139

CATCAACTCCGCCGTCGGCTCGCTCCTCGTCAGCTTCACCGTCTATATCATCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGAGCGGCCGCCGAGGTTCGCCGGAGGGTGGACAGGCGCTTACGTCATCAACTCCTTCGTGGTGGCGTGGGTGCTGGTGGTCGGCTTCGGCT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 43

CATCAACTCCGCCGTCGGCTCGCTCCTCGTCAGCTTCACCGTCTATATCATCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGAGCGGCCGCCGAGGTTCGCCGGAGGGTGGACAGGCGCTTACGTCATCAACTCCTTCGTGGTGGCGTGGGTGCTGGTGGTCGGCTTCGGCT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 39

CATCAACTCCGCCGTCGGCTCGCTCCTCGTCAGCTTCACCGTCTATATCATCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGAGCGGCCGCCGAGGTTCGCCGGAGGGTGGACAGGCGCTTACGTCATCAACTCCTTCGTGGTGGCGTGGGTGCTGGTGGTCGGCTTCGGCT


Block sizes: 36 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 6

CATCAACTCCGCCGTCGGCTCGCTCCTCGTCAGCTTCACCGTCTATATCATCCCGGCGCTCGCGCACATGGTCACCTTCAGGTCGCCGCAGTCGAGGGAGgtacgtaatt ... aactgcgcagAACGCCGTGGAGCGGCCGCCGAGGTTCGCCGGAGGGTGGACAGGCGCTTACGTCATCAACTCCTTCGTGGTGGCGTGGGTGCTGGTGGTCGGCTTCGGCT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatatattaacagaggactaacatacaatgatatgcatgtaactaactgcgcagAACGCCGTGGAGCGGCCGCCGAGGTTCGCCGGAGGGTGGACAGGCGCTTACGTCATCAACTCCTTCGTGGTGGCGTGGGTGCTGGTGGTCGGCTTCGGCT
                                         aactaac  putative branch site (score: 6)
     tattaaca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccccattgtatatatatatatttatttcgcttggtggtagattgcatatatattaacagaggactaacatacaatgatatgcatgtaactaactgcgcagAACGCCGTGGAGCGGCCGCCGAGGTTCGCCGGAGGGTGGACAGGCGCTTACGTCATCAACTCCTTCGTGGTGGCGTGGGTGCTGGTGGTCGGCTTCGGCT

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- - - - - - - - - - - - - - - -tggtggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attgcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatgt