Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtggttctgtgttcttttatgctgaggtgcacttgtgttgcttaaacaataaacagtttttcattgcttgcccctttagcccctgcttttatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATATCACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G125556_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G125556_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g40890.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-------tgtggttctgtgttc-ttttatgctgaggtgcacttgtgttgcttaaacaataaacagtttttcattgcttgcccctttagcccctgcttttatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATATCACA
       |    |  | ||||  ||||| |    ||   |||     |  |    | |     ||| || | |||  |   |||||   | |||  ||| |   |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| || || || |||||||| 
acttcaattaaatcgtttgttagttttaagtcagggcatactctaactattgtggcta-----agtgttcctttgtct---cctttgttctctgactttgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATATCACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29167717|gb|CB410977.1|CB410977
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211466770|gb|FL298415.1|FL298415
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|76285485|gb|DV025053.1|DV025053
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|93282355|gb|EB674619.1|EB674619
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211466772|gb|FL298417.1|FL298417
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|116820850|gb|EC864112.1|EC864112
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|91056435|gb|EB166853.1|EB166853
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATTTCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211464240|gb|FL298404.1|FL298404
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211041272|gb|FL124819.1|FL124819
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211041274|gb|FL124821.1|FL124821
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211475759|gb|FL124816.1|FL124816
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211464236|gb|FL298400.1|FL298400
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211466766|gb|FL298411.1|FL298411
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211466762|gb|FL298407.1|FL298407
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211464239|gb|FL298403.1|FL298403
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211041277|gb|FL124824.1|FL124824
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211464237|gb|FL298401.1|FL298401
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|60400894|gb|DN233701.1|DN233701
EST:     TCTCACCAAGCCTTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211466761|gb|FL298406.1|FL298406
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|76283007|gb|DV022575.1|DV022575
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211466767|gb|FL298412.1|FL298412
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211041276|gb|FL124823.1|FL124823
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211041273|gb|FL124820.1|FL124820
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGAT-TCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211466771|gb|FL298416.1|FL298416
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211475757|gb|FL124814.1|FL124814
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211475755|gb|FL124812.1|FL124812
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|71421128|gb|DR805308.1|DR805308
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211041270|gb|FL124817.1|FL124817
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211041271|gb|FL124818.1|FL124818
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|93282356|gb|EB674620.1|EB674620
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211475756|gb|FL124813.1|FL124813
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
EST: gi|211464238|gb|FL298402.1|FL298402
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaactcatt ... tatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacaataaacagtttttcattgcttgcccctttagcccctgcttttatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATATCACA
                                   cccctgctttt  CT-rich tract
            tttttcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtggttctgtgttcttttatgctgaggtgcacttgtgttgcttaaacaataaacagtttttcattgcttgcccctttagcccctgcttttatggaccagATAAATTTGGAGGTGCTATGGCAATTGTAAAGAGTGATATCGGCGGCAATATCACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG