1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...taaatcatgttgcaaggggaaaacgggattaatactctagttccctttctgtagcctactatactatcttgcctacgaaactgaccttgcccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAGGAACTGGTGGGAAATGGGGCCTATGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G123732_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAEST: gi|76291714|gb|DV031282.1|DV031282
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAEST: gi|50329533|gb|CO524659.1|CO524659
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAEST: gi|211118164|gb|FL349423.1|FL349423
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAEST: gi|71323879|gb|DR798616.1|DR798616
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAEST: gi|149005849|gb|EE040139.2|EE040139
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGEST: gi|74244183|gb|DT652097.1|DT652097
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTG
EST: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAEST: gi|91867966|gb|EB399869.1|EB399869
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAEST: gi|93011727|gb|EB637247.1|EB637247
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAEST: gi|32933373|gb|CF038185.1|CF038185
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: GCTGACGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAEST: gi|67034439|gb|CO462989.1|CO462989
genomic: GCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAEST: gi|74244184|gb|DT652098.1|DT652098
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
tttctgtagcctactatactatcttgcctacgaaactgaccttgcccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAGGAACTGGTGGGAAATGGGGCCTATGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTA
aactgac putative branch site (score: 2)
ccttgcccttattc CT-rich tract
tatactat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaatcatgttgcaaggggaaaacgggattaatactctagttccctttctgtagcctactatactatcttgcctacgaaactgaccttgcccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAAGGAACTGGTGGGAAATGGGGCCTATGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG