Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatcggttactatctgtatgtttcaaaattcttttgttaaatttgtttggtcattggtgtttcatgaacatgatctcgtggttgctttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGTATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G123732_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G123732_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g54920.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaatcggttactatctgtatgtttcaaaattct-tttgttaaatttgtttggtcattggtgtttcatgaacatgatctcgtggttgctttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGTATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT
||||| |||||| || |  |     || | || | |||||| |  |||| || |   || |||| ||| | ||  || |  |  ||  |||  |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
gtaattggttacaatttacag----cacagttatgtttgtttaggttgtgtgtt---tgctgttccataatcagcatttttta-ttattttgttgcagCAAAACCAGCATATTATAACTATGTCTGTGCGATGTTACTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32933373|gb|CF038185.1|CF038185
EST:     TGGGTTGATTGTTTTCATACATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGCG
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: gi|211474975|gb|FL438616.1|FL438616
EST:     TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTCTGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: gi|33092349|gb|CF052343.1|CF052343
EST:     ACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGCG
genomic: ACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 66

GGGAAATGGGGCCTATGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTACTGGAGTTTATGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGTATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 69

GGGAAATGGGGCCTATGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTACTGGAGTTTATGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGTATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 130

GGGAAATGGGGCCTATGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTACTGGAGTTTATGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGTATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 98

GGGAAATGGGGCCTATGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTACTGGAGTTTATGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGTATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttgtttggtcattggtgtttcatgaacatgatctcgtggttgctttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGTATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT
                                         ttgcttt  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatcggttactatctgtatgtttcaaaattcttttgttaaatttgtttggtcattggtgtttcatgaacatgatctcgtggttgctttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGTATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA