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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtggaatttgtcttgagcccttcgagcttcgtccgtctgcctgaaatgggcttcgtgaggtgccacggggtttctgatgttgcttgtgcctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGCGGGGCAGGAGCGTGGGCCGTCGCCCATGGTGATGGAGCGGTTCCAGAGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G121456_T03
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G121456_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g19510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
------------gtggaatttgtcttgagcccttcg-agcttcgt-ccgtctgcctgaaatgggcttcgt--gaggtgccacggggtttctgatgttgc-----ttgtgcctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGCGGGGCAGGAGCGTGGGCCGTCGCCCATGGTGATGGAGCGGTTCCAGAGC
            || || |||||   || || || | ||||  |   ||||||  ||     || || |   | | ||| | || | |  ||||| ||      |||||  | | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
gtgggggggggggttgattttgtgacgaaccatttgtagctctgcatcgtctggttgggggagggttgggtggggatgcgagggagctgatgatgctgtggttgttgtgtgtttcgtagGGATGATTTGGTGGTGCCGAGGTCGCCCTACTTCCCTGTGGAGTATGCGTCGGGGCAGGAACGCGGGCCATCGCCCATGGTGATGGAGCGGTTCCAGAGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110519563|gb|EE023896.1|EE023896
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGCATTTGGTCGATCAG                         GGATCGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGG
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGAT-GACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGG
EST: gi|149081623|gb|EE170768.2|EE170768
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCCAGTGGAGTCCGCCG
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCC-AGTGGAGTCCGC-G
EST: gi|211481382|gb|FL023994.1|FL023994
EST:     -GTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGC-G-GCGSGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|74237088|gb|DT645002.1|DT645002
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|78092088|gb|DV520462.1|DV520462
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|211481381|gb|FL023993.1|FL023993
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|19821991|gb|BQ048015.1|BQ048015
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|71436538|gb|DR817588.1|DR817588
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|148939986|gb|EC884717.2|EC884717
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|61119391|gb|DN560352.1|DN560352
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|211478511|gb|FL023987.1|FL023987
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|32913968|gb|CF018780.1|CF018780
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|149088221|gb|EE177331.2|EE177331
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|101399114|gb|EB821430.1|EB821430
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|78111070|gb|DV529467.1|DV529467
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|76919121|gb|DV167599.1|DV167599
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|71427481|gb|DR808531.1|DR808531
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|71445134|gb|DR826184.1|DR826184
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|74245787|gb|DT653701.1|DT653701
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|78090189|gb|DV518563.1|DV518563
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|148938546|gb|EC882867.2|EC882867
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|19822147|gb|BQ048171.1|BQ048171
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|50338176|gb|CO533302.1|CO533302
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|101400189|gb|EB821914.1|EB821914
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|93282145|gb|EB674409.1|EB674409
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|76012850|gb|DT940020.1|DT940020
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|86472628|gb|DY238998.1|DY238998
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGGGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|211478510|gb|FL023986.1|FL023986
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|93282646|gb|EB674910.1|EB674910
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|148934818|gb|EC878864.2|EC878864
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|101399344|gb|EB821545.1|EB821545
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|71307773|gb|DR790105.1|DR790105
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|211478514|gb|FL023990.1|FL023990
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
EST: gi|26455779|gb|CA827362.1|CA827362
EST:     GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAG                         GGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC
genomic: GGTGCGGTGCCTTACGGGGCTAATCCGCGGCGCGGGATTTGGTCGATCAGgtggaatttg ... cctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatgggcttcgtgaggtgccacggggtttctgatgttgcttgtgcctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGCGGGGCAGGAGCGTGGGCCGTCGCCCATGGTGATGGAGCGGTTCCAGAGC
                            ttctgat  putative branch site (score: 3)
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtggaatttgtcttgagcccttcgagcttcgtccgtctgcctgaaatgggcttcgtgaggtgccacggggtttctgatgttgcttgtgcctgtggtagGGATGACTTGGTGGTGCCAAGGTCGCCCTACTTCCCAGTGGAGTCCGCGGCGGGGCAGGAGCGTGGGCCGTCGCCCATGGTGATGGAGCGGTTCCAGAGC

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