1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...atcagctgttaccatgaatttgttgctctttacataattaccctcctatatgtagatatttcttgtcattcaatcaacatctgtcctggttcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTGGAACAGTTGGAGTAGTGGATCCTTCTGAGGCTATGCCTATTATAAATG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G120300_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|211480474|gb|FL101270.1|FL101270
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|5846865|gb|AI999948.1|AI999948
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|76290103|gb|DV029671.1|DV029671
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|6194731|gb|AW146835.1|AW146835
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: TCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTEST: gi|67017612|gb|CO446361.1|CO446361
genomic: TCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
ctatatgtagatatttcttgtcattcaatcaacatctgtcctggttcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTGGAACAGTTGGAGTAGTGGATCCTTCTGAGGCTATGCCTATTATAAATG
tagatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atcagctgttaccatgaatttgttgctctttacataattaccctcctatatgtagatatttcttgtcattcaatcaacatctgtcctggttcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACTGGAACAGTTGGAGTAGTGGATCCTTCTGAGGCTATGCCTATTATAAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA