Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|74234882|gb|DT642796.1|DT642796EST: CATTTTGTTGCATGTGACGAAGGATTATGAAAGGATCCCACAATCAAGAA GTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAAT
genomic: CATTTTGTTGCATGTGACGAAGGATTATGAAAGGATCCCACAATCAAGAAgtgtgtgact ... tactatgtagGTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAAT
EST:
gi|101381796|gb|EB812955.1|EB812955EST: CATTTTGTTGCATGTGACGAAGGATTATGAAAGGATCCCACAATCAAGAA GTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAAT
genomic: CATTTTGTTGCATGTGACGAAGGATTATGAAAGGATCCCACAATCAAGAAgtgtgtgact ... tactatgtagGTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAAT
EST:
gi|148934735|gb|EC878784.2|EC878784EST: CATTTTGTTGCATGTGACGAAGGATTATGAAAGGATCCCACAATCAAGAA GTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAAT
genomic: CATTTTGTTGCATGTGACGAAGGATTATGAAAGGATCCCACAATCAAGAAgtgtgtgact ... tactatgtagGTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAAT
EST:
gi|211152612|gb|FL453073.1|FL453073EST: CATTTTGTTGCATGTGACGAAGGATTATGAAAGGATCCCACAATCAAGAA GTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAAT
genomic: CATTTTGTTGCATGTGACGAAGGATTATGAAAGGATCCCACAATCAAGAAgtgtgtgact ... tactatgtagGTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAAT
EST:
gi|148943740|gb|EC888810.2|EC888810EST: CATTTTGTTGCATGTGACGAAGGATTATGAAAGGATCCCACAATCAAGAA GTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAAT
genomic: CATTTTGTTGCATGTGACGAAGGATTATGAAAGGATCCCACAATCAAGAAgtgtgtgact ... tactatgtagGTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAAT
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.atcatgtagttctccaatgaattatcttaatatcatctcttttgctactatgtagGTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAATTGTTGAAGCATGTCGTGGATGAGAGGACTTCGGACGAAGAAAAGGCCTT
tcttaat putative branch site (score: 3)
tcatctcttttgct CT-rich tract
aatgaattatcttaat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtgtgtgacttttactcctctctaattgaaataatcatgtagttctccaatgaattatcttaatatcatctcttttgctactatgtagGTGTTTATGCACCATTATCTCCCTCTTTGACAACTAGATTAAATGGAGAATTGTTGAAGCATGTCGTGGATGAGAGGACTTCGGACGAAGAAAAGGCCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA