1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ccaatctctagttacttgtgaatgcaattgttaattttcttagcttgaaatgctatttgatttctaactgagcttatgttattgtcattcttacttgcagGGTGTATATGGCTACCCTATTGAGATTCAGGCCCTTTTCTTTATGGCACTAAGGTGTGCTCTTCAAATGCTTAAGCATGATAATGAAGGGAAGGAGTTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G118737_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTTGCTGTATGATAGATCGCAGAATG GGTGTATATGGCTACCCTATTGAGATTCAGGCCCTTTTCTTTATGGCACTAEST: gi|60348011|gb|DN214984.1|DN214984
genomic: TGGTTGCTGTATGATAGATCGCAGAATGgtaagctctg ... ttacttgcagGGTGTATATGGCTACCCTATTGAGATTCAGGCCCTTTTCTTTATGGCACTA
EST: TCCCGACATTGTTATGTGCTGATGGTTGCTGTATGATAGATCGCAGAATG GGTGTATATGGCEST: gi|211128629|gb|FK982355.1|FK982355
genomic: TCCCGACATTGTTATGTGCTGATGGTTGCTGTATGATAGATCGCAGAATGgtaagctctg ... ttacttgcagGGTGTATATGGC
EST: TCCCGACATTGTTATGTGCTGATGGTTGCTGTATGATAGATCGCAGAATG GGTGTATATGGCTACCCTATTGAGATTCAGGCCCTTTTCTTTATGGCACTA
genomic: TCCCGACATTGTTATGTGCTGATGGTTGCTGTATGATAGATCGCAGAATGgtaagctctg ... ttacttgcagGGTGTATATGGCTACCCTATTGAGATTCAGGCCCTTTTCTTTATGGCACTA
tgaaatgctatttgatttctaactgagcttatgttattgtcattcttacttgcagGGTGTATATGGCTACCCTATTGAGATTCAGGCCCTTTTCTTTATGGCACTAAGGTGTGCTCTTCAAATGCTTAAGCATGATAATGAAGGGAAGGAGTTTG
ttcttactt CT-rich tract
tatttgatttctaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccaatctctagttacttgtgaatgcaattgttaattttcttagcttgaaatgctatttgatttctaactgagcttatgttattgtcattcttacttgcagGGTGTATATGGCTACCCTATTGAGATTCAGGCCCTTTTCTTTATGGCACTAAGGTGTGCTCTTCAAATGCTTAAGCATGATAATGAAGGGAAGGAGTTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - -ttacttg
- - - - - - - - - tgaatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttatg