1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...atagtagtatctagcatagtgcatatatgctcttcaacgcaactaatgtaatagtaatgcctattggtggtaatttcttcaaattgtttttttggaacagATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G115518_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGA ATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAGEST: gi|32830719|gb|CD970397.1|CD970397
genomic: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGAgtatgttttt ... tttggaacagATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAG
EST: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGA ATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAGEST: gi|76284392|gb|DV023960.1|DV023960
genomic: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGAgtatgttttt ... tttggaacagATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAG
EST: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGA ATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAGEST: gi|31356504|gb|CD440861.1|CD440861
genomic: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGAgtatgttttt ... tttggaacagATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAG
EST: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGT ATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAGEST: gi|211371493|gb|FL287192.1|FL287192
genomic: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGAgtatgttttt ... tttggaacagATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAG
EST: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGA ATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAGEST: gi|6760508|gb|AW324597.1|AW324597
genomic: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGAgtatgttttt ... tttggaacagATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAG
EST: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGA ATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAG
genomic: AGATTCTATGATGCATGTGAGGACGCCCTCAATGTCTACATTGTCATGGAgtatgttttt ... tttggaacagATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAG
atgtaatagtaatgcctattggtggtaatttcttcaaattgtttttttggaacagATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAG
aactaat putative branch site (score: 183)
ttgttttttt putative PPT
taatttcttcaaattg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atagtagtatctagcatagtgcatatatgctcttcaacgcaactaatgtaatagtaatgcctattggtggtaatttcttcaaattgtttttttggaacagATTATGTGAAGGTGGAGAGTTGCTAGACAGAATTTTAGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG