1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tctatggttttaaggtcatagtagttttacgatcgtatacttgaagttctggtctgattcaggatcactattttaacaaccttgtgtggttaatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTTACATCACTTGTGACACTTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G114126_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCATAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|211354689|gb|FL118768.1|FL118768
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCATAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|211354687|gb|FL118766.1|FL118766
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|211354688|gb|FL118767.1|FL118767
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCATAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|71438648|gb|DR819698.1|DR819698
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|74236529|gb|DT644443.1|DT644443
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|26558339|gb|CA830574.1|CA830574
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCATAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|211354691|gb|FL118770.1|FL118770
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTANGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|211354684|gb|FL118763.1|FL118763
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAEST: gi|211354686|gb|FL118765.1|FL118765
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCA
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCATAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|149105113|gb|EE290596.2|EE290596
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|148961873|gb|EE012659.2|EE012659
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|32801394|gb|CD953630.1|CD953630
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: TAAGAGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|71329770|gb|DR801598.1|DR801598
genomic: TAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTTEST: gi|87155561|gb|DY400350.1|DY400350
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
EST: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAG GATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCATAAGTACATAGGATCAGATGTT
genomic: GCACAGATGATGCTGAAGAAGAAGCTTTAAGGGGCCGATGGAAGCAAGAGgtaaggaaat ... taatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTT
gttctggtctgattcaggatcactattttaacaaccttgtgtggttaatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTTACATCACTTGTGACACTTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGC
tattttaacaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctatggttttaaggtcatagtagttttacgatcgtatacttgaagttctggtctgattcaggatcactattttaacaaccttgtgtggttaatttgcagGATCGTGATAGCTATTGGAAGATGATGCACAAGTACATAGGATCAGATGTTACATCACTTGTGACACTTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttctggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacaacc