Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagacaagtttcttctgttgtttcagttattctatgaccctgtttgcagtgtcccagcaccaagatttcttggagttgggtattactagctccataaatttctgaatgtggagctagggcttaggggtacacctgacttgctttctttctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G113619_T04
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78086642|gb|DV515035.1|DV515035
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|78089708|gb|DV518082.1|DV518082
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|76280760|gb|DV020328.1|DV020328
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|91053257|gb|EB163675.1|EB163675
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|71424785|gb|DR806435.1|DR806435
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|50325343|gb|CO520469.1|CO520469
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|91877839|gb|EB407796.1|EB407796
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|93283253|gb|EB675517.1|EB675517
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|78080128|gb|DV508540.1|DV508540
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|6827481|gb|AW331124.1|AW331124
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTGTTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|37419826|gb|CF647598.1|CF647598
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|32919341|gb|CF024153.1|CF024153
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTGTTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|91057080|gb|EB167498.1|EB167498
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|71766653|gb|DR964590.1|DR964590
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|71311806|gb|DR792364.1|DR792364
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|91049342|gb|EB159760.1|EB159760
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|76291932|gb|DV031500.1|DV031500
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaatgtggagctagggcttaggggtacacctgacttgctttctttctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG
                            acctgac  putative branch site (score: 3)
                                  cttgctttctttctat  CT-rich tract
                                           tttctatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagacaagtttcttctgttgtttcagttattctatgaccctgtttgcagtgtcccagcaccaagatttcttggagttgggtattactagctccataaatttctgaatgtggagctagggcttaggggtacacctgacttgctttctttctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT