Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgatgatctatattattatgtaattggaattctttattttggttatcaaataaattcatttcctttgtattaacagaattaccattcttacatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G102639_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G102639_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os10g31900.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-----------------------------------------------------------------ttgatgatctatattat-tatgtaattgg--aattctttattttggt-tatcaaataa-attcatttcct-ttgt--------attaacagaattaccattcttacatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT
                                                                 ||  || | ||| |  | | ||| | |       ||  | |    || |  || | |  ||  |||| || || |        |||||  || || |  ||  |  ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||
gtaagtatcagtttgttccttgatagtttgactgattttgctcggaagtatctttcagcattatgtttctgttttatgtgctgtttgtgacttatcgcctccctgtgccagtgtgccacacatcatggatttactattatggagactgattaatggagttcctttttgtcaatttgtagTTAATGTCTATGTCCCCAAAGACAGAGTAACAAATCTACACCAGGGCTATGGATTTGTAGAATTCAGAAGTGAAGAAGATGCAGATTAT

upper sequence: GRMZM2G102639_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv04s0023g01470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
--ttgatgatctatattattatgtaattggaattctttattttggttatcaaataaattcatttcctttgtattaacagaattaccattcttacatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT
  || |   | | ||  | | | |   ||  | |    |||      || | |    |  ||   |||||| |    |   ||    | | | |  ||  ||| ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||||||||||||  | || || || ||||| ||||||
cttttacattttttacaaat-tatttctgacagtgcaaattgcaaa-attataattttctataaactttgtttatgtatcctttttttcccttctgtttcagTTAATGTATATGTTCCCAAAGATAGAGTGACAAATCTGCACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26558877|gb|CA831112.1|CA831112
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|78090866|gb|DV519240.1|DV519240
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|91056510|gb|EB166928.1|EB166928
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|148943004|gb|EC888052.2|EC888052
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|87157489|gb|DY402278.1|DY402278
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|33467168|gb|CF244217.1|CF244217
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|148956981|gb|EC902927.2|EC902927
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|148933043|gb|EE285938.2|EE285938
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|78124664|gb|DV543048.1|DV543048
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGAAATTGTTTGTCCAAGCGGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|50322326|gb|CO517452.1|CO517452
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|89762379|gb|DY689990.1|DY689990
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|94477767|gb|EB706725.1|EB706725
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|76288123|gb|DV027691.1|DV027691
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|71425499|gb|DR806709.1|DR806709
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|76291455|gb|DV031023.1|DV031023
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|76015742|gb|DT942912.1|DT942912
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCGAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|76290093|gb|DV029661.1|DV029661
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|148961210|gb|EE011925.2|EE011925
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATAT
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCC-TGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATAT
EST: gi|86472905|gb|DY239275.1|DY239275
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGAAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|78124734|gb|DV543118.1|DV543118
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGAAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
EST: gi|148938096|gb|EC882358.2|EC882358
EST:     GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTG                         TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG
genomic: GTTTCTGAGGAGCTTCTATGGGAATTGTTTGTCCAAGCAGGCCCTGTTGgtaagtggat ... acatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcaaataaattcatttcctttgtattaacagaattaccattcttacatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT
                                        ttcttac  CT-rich tract
                       tattaacagaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgatgatctatattattatgtaattggaattctttattttggttatcaaataaattcatttcctttgtattaacagaattaccattcttacatttgtagTGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
-tgatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccattct