Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctggccttaaatgattttcagtactaagtttagccatgtgttctgcaagctgcacatcacatggaatggtttttcattctaggatttctgttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAGTCACACAATGAAAGTTTACTTGCCAGAGTGTAACCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099980_T03
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G099980_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os12g01170.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
ctggcct-taaatgattt-tcagtactaagtttagccatgtgttctgcaagctgcacatcacatggaatggtttttcattctaggatttctgttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAGTCACACAATGAAAGTTTACTTGCCAGAGTGTAACCTG
    |||    ||||||  | |||  |    ||     | || |    |   |   | ||   |  ||| | ||| | |   |   |||||  ||||  ||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| |||
--atcctgctgatgattagttagtctttgcctttcatttctgctgcatagtttcttcttcggttataattgatttacgtcgaacattttctactgctctcagGTAGGTTATTAACAGCACTTGTAAGTGAATACTTGGAGTGGGCCCAGCTAAGTCACACGATGAAAGTTTATCTGCCTGAATGTAATCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211054006|gb|FL385558.1|FL385558
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211452567|gb|FL415951.1|FL415951
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211080223|gb|FL420001.1|FL420001
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211466208|gb|FL385420.1|FL385420
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211267129|gb|FL426695.1|FL426695
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211203962|gb|FL369985.1|FL369985
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|32910631|gb|CF015443.1|CF015443
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211084387|gb|FL369936.1|FL369936
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAARCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTYACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGC
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGC
EST: gi|211042377|gb|FL397272.1|FL397272
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211330509|gb|FL416285.1|FL416285
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211501608|gb|FL378289.1|FL378289
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211449691|gb|FL381423.1|FL381423
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211020467|gb|FL418619.1|FL418619
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211022189|gb|FL381966.1|FL381966
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211029303|gb|FL370358.1|FL370358
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211159520|gb|FL378584.1|FL378584
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211523925|gb|FL381024.1|FL381024
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211204242|gb|FL383411.1|FL383411
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211194591|gb|FL404838.1|FL404838
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211512095|gb|FL429021.1|FL429021
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCKTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATAC
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATAC
EST: gi|211376378|gb|FL377798.1|FL377798
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211269442|gb|FL420605.1|FL420605
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|78109085|gb|DV527502.1|DV527502
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211186922|gb|FL380831.1|FL380831
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTT
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTT
EST: gi|211147508|gb|FL408670.1|FL408670
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211212936|gb|FL424466.1|FL424466
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|33103991|gb|CF063951.1|CF063951
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211471762|gb|FL410798.1|FL410798
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211323555|gb|FL394717.1|FL394717
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211276957|gb|FL388228.1|FL388228
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|108953992|gb|EC364964.1|EC364964
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211051698|gb|FL411698.1|FL411698
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211355668|gb|FL392110.1|FL392110
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211186886|gb|FL377630.1|FL377630
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211490263|gb|FL376582.1|FL376582
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211269439|gb|FL420602.1|FL420602
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 246

ATTGAAGAGGAGGATCGGGTGGAGAATGATGATGGAGGGAACCCTGCTTTGCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAGTCACACAATGAAAGTTTACTTGCCAGAGTGTAACCTG


Block sizes: 46 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 150

ATTGAAGAGGAGGATCGGGTGGAGAATGATGATGGAGGGAACCCTGCTTTGCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAGTCACACAATGAAAGTTTACTTGCCAGAGTGTAACCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 117

ATTGAAGAGGAGGATCGGGTGGAGAATGATGATGGAGGGAACCCTGCTTTGCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAGTCACACAATGAAAGTTTACTTGCCAGAGTGTAACCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 130

ATTGAAGAGGAGGATCGGGTGGAGAATGATGATGGAGGGAACCCTGCTTTGCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAGTCACACAATGAAAGTTTACTTGCCAGAGTGTAACCTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caagctgcacatcacatggaatggtttttcattctaggatttctgttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAGTCACACAATGAAAGTTTACTTGCCAGAGTGTAACCTG
                                       tttctgtt  CT-rich tract
                        tttttcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctggccttaaatgattttcagtactaagtttagccatgtgttctgcaagctgcacatcacatggaatggtttttcattctaggatttctgttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAGTCACACAATGAAAGTTTACTTGCCAGAGTGTAACCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - gccatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcacatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catggaa