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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttcttggataatagaatgatgcctaggattttaatatgtgagttgtcaagttttacagttagtccagttcccgctactgacacgcgtgtttcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099352_T03
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G099352_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
ttcttgg-ataatagaatgatgcctaggattttaatatgtgagttgt-caagttttacagttagtccagttcccgctactgacacgcgtgtttcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG
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accttgttatggtagctttgttatgtgtgagctagtgcggaagtcgttctgatgtttctttcagat--gtcattgtctctaatatgtttgtttacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG

upper sequence: GRMZM2G099352_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
---------------ttcttggataatagaatgatgc---ctaggattttaatatgtgagttgtc---aagttttacagttagtccagttcccgcta-------ctgacacgcgtgtttc----ctg---gccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG
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gtgtgtgcctcgtatctattagactttgtactaatccgcactattgcttgatcaccttgattttctacgaggttaactgcgcgttcagagctcagcgtatcgttctgatgtgctgatcttaaatctgaacgctagGGCTTGTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32862940|gb|CF002622.1|CF002622
EST:     GTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: GTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|29545002|gb|CB605180.1|CB605180
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|86466308|gb|DY232679.1|DY232679
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|76287264|gb|DV026832.1|DV026832
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|67024394|gb|CO453143.1|CO453143
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211512004|gb|FL197084.1|FL197084
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGGAGAGTGGTGCCAAGGGTT
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGG-AGAGTGGTGCCAAGGGTT
EST: gi|13562191|gb|BG550411.1|BG550411
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATG
EST: gi|78116329|gb|DV534716.1|DV534716
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGGCT-GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCA
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGG-CTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCA
EST: gi|148940207|gb|EC884975.2|EC884975
EST:     TCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGGGGTGCCAAGGGTTG
genomic: TCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|148950794|gb|EC896399.2|EC896399
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|30706193|gb|CD059058.1|CD059058
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|31612040|gb|CD568662.1|CD568662
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|71758525|gb|DR956462.1|DR956462
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|17921579|gb|BM259230.1|BM259230
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|149073343|gb|EE161639.2|EE161639
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|9732373|gb|BE511125.1|BE511125
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|148964481|gb|EC905833.2|EC905833
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|91876194|gb|EB406151.1|EB406151
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTTTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|5439453|gb|AI820374.1|AI820374
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|149107931|gb|EE292288.2|EE292288
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211374867|gb|FL196999.1|FL196999
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTG
EST: gi|12971063|gb|BG267296.1|BG267296
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|148940208|gb|EC884976.2|EC884976
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211377532|gb|FL197008.1|FL197008
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|15499355|gb|BI595868.1|BI595868
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211374860|gb|FL196992.1|FL196992
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|14529552|gb|BI096685.1|BI096685
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|89249444|gb|DY621230.1|DY621230
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|148996374|gb|EE035662.2|EE035662
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|91875318|gb|EB405275.1|EB405275
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|31909983|gb|CD651193.1|CD651193
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211504908|gb|FL197038.1|FL197038
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGC-GTCCGCAG                         G-CTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTT
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTT
EST: gi|149073344|gb|EE161640.2|EE161640
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|31910543|gb|CD651476.1|CD651476
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|78077330|gb|DV505764.1|DV505764
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|71328432|gb|DR800860.1|DR800860
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|71445502|gb|DR826552.1|DR826552
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|31405891|gb|CD484623.1|CD484623
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTG
EST: gi|71774008|gb|DR971895.1|DR971895
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211516719|gb|FL197116.1|FL197116
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGC-GTCCGCAG                         G-CTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTAT
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTAT
EST: gi|60352449|gb|DN219422.1|DN219422
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211504906|gb|FL197036.1|FL197036
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaagttttacagttagtccagttcccgctactgacacgcgtgtttcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG
                             tactgac  putative branch site (score: 1)
                                         tgtttcct  putative PPT
     ttttaca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ttcttggataatagaatgatgcctaggattttaatatgtgagttgtcaagttttacagttagtccagttcccgctactgacacgcgtgtttcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG

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