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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttcttggataatagaatgatgcctaggattttaatatgtgagttgtcaagttttacagttagtccagttcccgctactgacacgcgtgtttcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTGAGTGTTCCTTTGTACTTCCTGAGAACATGTTCATTTGTTAGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099352_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G099352_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
ttcttgg-ataatagaatgatgcctaggattttaatatgtgagttgt-caagttttacagttagtccagttcccgctactgacacgcgtgtttcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTGAGTGTTCCTTTGTACTTCCTGAGAACATGTTCATTTGTTAGT
  ||||  ||  |||  |  |     |     || |  |  ||| || |   | || |  | ||    ||    |   || | | |  ||||| |  | |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||                                             
accttgttatggtagctttgttatgtgtgagctagtgcggaagtcgttctgatgtttctttcagat--gtcattgtctctaatatgtttgtttacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG---------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G099352_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
---------------ttcttggataatagaatgatgc---ctaggattttaatatgtgagttgtc---aagttttacagttagtccagttcccgcta-------ctgacacgcgtgtttc----ctg---gccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTGAGTGTTCCTTTGTACTTCCTGAGAACATGTTCATTTGTTAGT
                | || ||   |  | | || |   |||    || |  |  |   || ||    || || || |   || |||  | |           ||||   ||   | |     |||   || |||||||| ||||| || ||  | |   |||||||||| ||||||||||||||||||                                             
gtgtgtgcctcgtatctattagactttgtactaatccgcactattgcttgatcaccttgattttctacgaggttaactgcgcgttcagagctcagcgtatcgttctgatgtgctgatcttaaatctgaacgctagGGCTTGTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG---------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211502558|gb|FL197030.1|FL197030
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGTTTGCTACGGTGTTCTTCGT-ATGTTAATGGGAGAG-GGTGGNCAAGGG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTA-TGG-AGAGTGGTGC-CAAGGG
EST: gi|13562191|gb|BG550411.1|BG550411
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATG
EST: gi|78116329|gb|DV534716.1|DV534716
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGGCT-GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCA
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGG-CTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCA
EST: gi|31558486|gb|CD527698.1|CD527698
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211374867|gb|FL196999.1|FL196999
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTG
EST: gi|211512004|gb|FL197084.1|FL197084
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGGAGAGTGGTGCCAAGGGTT
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGG-AGAGTGGTGCCAAGGGTT
EST: gi|211504908|gb|FL197038.1|FL197038
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGC-GTCCGCAG                         G-CTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTT
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTT
EST: gi|31405891|gb|CD484623.1|CD484623
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTG
EST: gi|211516719|gb|FL197116.1|FL197116
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGC-GTCCGCAG                         G-CTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTAT
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTAT
EST: gi|29577058|gb|CB617170.1|CB617170
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211514368|gb|FL197107.1|FL197107
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGC-GTCCGCAG                         G-CTTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTAT
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTT-GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTAT
EST: gi|28873265|gb|CB329280.1|CB329280
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211512003|gb|FL197083.1|FL197083
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGG
EST: gi|211509637|gb|FL197072.1|FL197072
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGACTTGCCGTCCGCAG                         G-CTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATCGAGAGT
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGT
EST: gi|211509638|gb|FL197073.1|FL197073
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGC
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGC
EST: gi|211502559|gb|FL197031.1|FL197031
EST:     CAGGCNGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTG
EST: gi|211504905|gb|FL197035.1|FL197035
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGC-GTCCGCAG                         G-CTTGCTACGGTGTTCTTCGTTA
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTA
EST: gi|15499355|gb|BI595868.1|BI595868
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|28873372|gb|CB329371.1|CB329371
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211377537|gb|FL197013.1|FL197013
EST:     AGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTA
genomic: AGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCC-GCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTA
EST: gi|211377535|gb|FL197011.1|FL197011
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|31612231|gb|CD568853.1|CD568853
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaagttttacagttagtccagttcccgctactgacacgcgtgtttcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTGAGTGTTCCTTTGTACTTCCTGAGAACATGTTCATTTGTTAGT
                             tactgac  putative branch site (score: 1)
                                         tgtttcct  putative PPT
     ttttaca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttcttggataatagaatgatgcctaggattttaatatgtgagttgtcaagttttacagttagtccagttcccgctactgacacgcgtgtttcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTGAGTGTTCCTTTGTACTTCCTGAGAACATGTTCATTTGTTAGT

- - - - - - - - tgatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgacac