1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaaaaagcttcatctcaaataggggggggggggggggggggggatgaatttggagttgttcttgcctgtcgctaccaggccattgctaatctgaattgtgggggaggtggtgcagGTGGGAGGTGGTGCGACGTCGCCTGGTTCGACACAGCCCAATGATCGGTATTGTTGGATGAGGCCAGAGGACATTGACTACCCACGTCCAGTGGTTGAGT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G099101_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAAGACCTTTAATTCCACAGCCGATAGCATTGATCGTGTCATTGCGCAG GTGGGAGGTGGTGCGACGTCGCCTGGTTCGACACAGCCCAATGATCGGTATEST: gi|148932216|gb|EC875712.2|EC875712
genomic: TGAAGACCTTTAATTCCACAGCCGATAGCATTGATCGTGTCATTGCGCAGgtaaaaagct ... ggtggtgcagGTGGGAGGTGGTGCGACGTCGCCTGGTTCGACACAGCCCAATGATCGGTAT
EST: TGAAGACCTTTAATTCCACAGCCGATAGCATTGATCGTGTCATTGCGCAG GTGGGAGGTGGTGCGACGTCGCCTGGTTCGACACAGCCCAATGATCGGTATEST: gi|31349622|gb|CD433979.1|CD433979
genomic: TGAAGACCTTTAATTCCACAGCCGATAGCATTGATCGTGTCATTGCGCAGgtaaaaagct ... ggtggtgcagGTGGGAGGTGGTGCGACGTCGCCTGGTTCGACACAGCCCAATGATCGGTAT
EST: TGAAGACCTTTAATTCCACAGCCGATAGCATTGATCGTGTCATTGTTTAT GTGGGAGGTGGTGCGACGTCGCCTGGTTCGACACAGCCCAATGATCGGTATEST: gi|60343776|gb|DN210749.1|DN210749
genomic: TGAAGACCTTTAATTCCACAGCCGATAGCATTGATCGTGTCATTGCGCAGgtaaaaagct ... ggtggtgcagGTGGGAGGTGGTGCGACGTCGCCTGGTTCGACACAGCCCAATGATCGGTAT
EST: TGAAGACCTTTAATTCCACAGCCGATAGCATTGATCGTGTCATTGCGCAG GTGGGAGGTGGTGCGACGTCGCCTGGTTCGACACAGCCCAATGATCGGTATEST: gi|76285583|gb|DV025151.1|DV025151
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EST: TGAAGACCTTTTATTCCACAGCCGATAGCATTGATCGTGTCATTGCGCAN GTGGGGAG-TGGTGCGACGT
genomic: TGAAGACCTTTAATTCCACAGCCGATAGCATTGATCGTGTCATTGCGCAGgtaaaaagct ... ggtggtgcagGTGGG-AGGTGGTGCGACGT
cttgcctgtcgctaccaggccattgctaatctgaattgtgggggaggtggtgcagGTGGGAGGTGGTGCGACGTCGCCTGGTTCGACACAGCCCAATGATCGGTATTGTTGGATGAGGCCAGAGGACATTGACTACCCACGTCCAGTGGTTGAGT
tgctaat putative branch site (score: 12)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaaaagcttcatctcaaataggggggggggggggggggggggatgaatttggagttgttcttgcctgtcgctaccaggccattgctaatctgaattgtgggggaggtggtgcagGTGGGAGGTGGTGCGACGTCGCCTGGTTCGACACAGCCCAATGATCGGTATTGTTGGATGAGGCCAGAGGACATTGACTACCCACGTCCAGTGGTTGAGT
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