Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cactatttaagctacttaatagagttatcaatcttaacttgtactactttcatttatgtaagacaaatcttcagctccgttacttgcctgtcatatgcagGAGTGAATGTCTTATGTGGTGTGGGGATCCTGTCAACACCTTATGCTGTCAAGCAGGGTGGCTGGCTTGGACTGGTGATACTAGCGGTATTGGGTGCACT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G097802_T04
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G097802_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT3G54830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
cactatttaagctacttaatag-agttatcaatcttaacttgtactactttcatttatgtaagacaaatct---tcagctccgttacttgcctgt---catatgcagGAGTGAATGTCTTATGTGGTGTGGGGATCCTGTCAACACCTTATGCTGTCAAGCAGGGTGGCTGGCTTGGACTGGTGATACTAGCGGTATTGGGTGCACT
     | | |   ||  || |  |  |  |||   |    |||   |||  || | ||||||  |  | ||   | |  | |  |   ||        ||| ||||||||||||||| |||||||| || || ||  |||||||||| |||||||| ||| | || || ||| | |||||  | || ||    | ||| |||   ||
-----tgtgaataacagaaaaataactgacaagtctgctctgt-tcactgacact-atgtaaaccttaactagttaaaattctctgagtgatgagatacatgtgcagGAGTGAATGTTTTATGTGGGGTTGGAATATTGTCAACACCATATGCTGTGAAGGAAGGAGGATGGTTGGGACTTATCATTCTCTTTGCATTTGGTATTCT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actttcatttatgtaagacaaatcttcagctccgttacttgcctgtcatatgcagGAGTGAATGTCTTATGTGGTGTGGGGATCCTGTCAACACCTTATGCTGTCAAGCAGGGTGGCTGGCTTGGACTGGTGATACTAGCGGTATTGGGTGCACT
      atttatgtaa  TA-rich tract