Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcctgattcctttggctagctcattctttacggtatctggctgaaataattgaaatgctcgaaactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTATTCTTGTCACCCCTCTTGGTGCGCTCAGCATAATTGTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G097421_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G097421_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g35570.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtaagttcctgattcctttggctagctcattctttacggtatctggctgaaataattgaaatgctcga--------------aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTATTCTTGTCACCCCTCTTGGTGCGCTCAGCATAATTGTCAG
|||||||| || || ||| || |   |  ||||| | ||  |   ||  || || | ||||| || ||              || || | |||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || || ||| |||| || || || || || || |||||||||||||| ||
gtaagttcttgctttcttaggttgcttatttcttgaggggctagtgcaaaattattcgaaattcttgataattttttttccgaatttcgtagTGCTCATTGGTGAGATTGCAAATTTCGTGGCTTACATGTTCGCACCGGCTGTTCTGGTTACTCCCCTCGGCGCTCTCAGCATAATTGTTAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78118379|gb|DV536765.1|DV536765
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|101399470|gb|EB821607.1|EB821607
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|149012854|gb|EE042696.2|EE042696
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|94478878|gb|EB707836.1|EB707836
EST:     GGCTATGGGTACCCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGCGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTT
genomic: GGCTATGGGTACC-TCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTT
EST: gi|211193189|gb|FK988934.1|FK988934
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACRA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|71305814|gb|DR789035.1|DR789035
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|211193198|gb|FK988943.1|FK988943
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TTCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|91048854|gb|EB159272.1|EB159272
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|211193195|gb|FK988940.1|FK988940
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|74236901|gb|DT644815.1|DT644815
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|149101364|gb|EE187481.2|EE187481
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|148951157|gb|EC896836.2|EC896836
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|148947645|gb|EC893125.2|EC893125
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|74244190|gb|DT652104.1|DT652104
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|148942011|gb|EC887002.2|EC887002
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|71416856|gb|DR803834.1|DR803834
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|148972078|gb|EE022933.2|EE022933
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|149005298|gb|EE039847.2|EE039847
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|149070089|gb|EE158489.2|EE158489
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|91050129|gb|EB160547.1|EB160547
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|211193191|gb|FK988936.1|FK988936
EST:     AGGCTATGGATACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|149013793|gb|EE043260.2|EE043260
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|148948891|gb|EC894305.2|EC894305
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|211193199|gb|FK988944.1|FK988944
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|94477226|gb|EB706184.1|EB706184
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|211190794|gb|FK988929.1|FK988929
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|101394371|gb|EB819120.1|EB819120
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|33285537|gb|CF075332.1|CF075332
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|71446398|gb|DR827448.1|DR827448
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGAGTGGCGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCCT
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGC-T
EST: gi|78079716|gb|DV508128.1|DV508128
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|71446399|gb|DR827449.1|DR827449
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|76012865|gb|DT940035.1|DT940035
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         CGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
EST: gi|50323304|gb|CO518430.1|CO518430
EST:     AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGA                         TGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA
genomic: AGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 111

GTGTTGGAGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTATTCTTGTCACCCCTCTTGGTGCGCTCAGCATAATTGTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 175

GTGTTGGAGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTATTCTTGTCACCCCTCTTGGTGCGCTCAGCATAATTGTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 244

GTGTTGGAGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTATTCTTGTCACCCCTCTTGGTGCGCTCAGCATAATTGTCAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 158

GTGTTGGAGGCTATGGGTACCTCTTGGAGCCACTGTGGTGGATTGGGATGGTTACGAgtaagttcct ... aactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTATTCTTGTCACCCCTCTTGGTGCGCTCAGCATAATTGTCAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agctcattctttacggtatctggctgaaataattgaaatgctcgaaactttgcagTGCTGATTGGGGAGATTGCCAATTTTGTGGCCTACATGTTTGCGCCAGCTATTCTTGTCACCCCTCTTGGTGCGCTCAGCATAATTGTCAG
                        tgaaataattgaaat  TA-rich tract