1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtacaaagctcttccttttctgtaaccttttgtcatgtggtggttaatcagtttgtattatttttgcttctgatgtaatgtgggatttttgatcttatgtgacattgtttgtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGTGAAGGATGCAAGGACTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G091265_T05 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|211292773|gb|FL412753.1|FL412753
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|9952858|gb|BE639441.1|BE639441
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|50325986|gb|CO521112.1|CO521112
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|148933222|gb|EC876874.2|EC876874
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|211469231|gb|FL410779.1|FL410779
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|78091413|gb|DV519787.1|DV519787
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|60349186|gb|DN216159.1|DN216159
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: CCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|78026942|gb|DV495329.1|DV495329
genomic: CCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|94476085|gb|EB705043.1|EB705043
genomic: TCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|60344966|gb|DN211939.1|DN211939
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|50325839|gb|CO520965.1|CO520965
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|71434213|gb|DR815263.1|DR815263
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|44682094|gb|CK787142.1|CK787142
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|60344681|gb|DN211654.1|DN211654
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|71434212|gb|DR815262.1|DR815262
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGEST: gi|60338381|gb|DN205354.1|DN205354
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
EST: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGT ATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
genomic: TTTGACTACAAGGCCGCCACCGGTGCATTCACCCCCGACCGTGTCGCCGTgtacaaagct ... gtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTG
gcttctgatgtaatgtgggatttttgatcttatgtgacattgtttgtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGTGAAGGATGCAAGGACTG
atttttgatcttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacaaagctcttccttttctgtaaccttttgtcatgtggtggttaatcagtttgtattatttttgcttctgatgtaatgtgggatttttgatcttatgtgacattgtttgtatgtgaagATATTGCAAGTGTGAGATGCCGTACAACCCGGATGACCTCATGGTGCAGTGTGAAGGATGCAAGGACTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG