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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagttgctgctgccttttttttttactctctgatctgataatcatggtgatcggaatcgaataggagacattgtcgttgtggttctgatcttggttcggccgctccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGTGGCGCGTCTGATGATGATTGGGAGGGGGAGTTCTTCCCCGGCGTCCCGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G081682_T02
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211316223|gb|FL334911.1|FL334911
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|211075605|gb|FL344132.1|FL344132
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCA-SAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|211288683|gb|FL312634.1|FL312634
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|211328969|gb|FL341564.1|FL341564
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCA-SAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|71426924|gb|DR807974.1|DR807974
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|211416745|gb|FL321410.1|FL321410
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCA-SAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|74245361|gb|DT653275.1|DT653275
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|74232804|gb|DT640718.1|DT640718
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|211420503|gb|FL364960.1|FL364960
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCA-SAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|211457434|gb|FL331063.1|FL331063
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAS-AGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|32866060|gb|CF005742.1|CF005742
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|32909379|gb|CF014191.1|CF014191
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|211310239|gb|FL338849.1|FL338849
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|211149448|gb|FL325049.1|FL325049
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT
EST: gi|211140891|gb|FL328471.1|FL328471
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAS-AGNACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGG
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAG-ACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGG
EST: gi|211320715|gb|FL358326.1|FL358326
EST:     TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTG                         ATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATTGT
genomic: TGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 728

GCGCGTTTCCTGGTCAACTAAGGCCGGCATGAAGGGCTGCTCAGAGCGCTTGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGTGGCGCGTCTGATGATGATTGGGAGGGGGAGTTCTTCCCCGGCGTCCCGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 730

GCGCGTTTCCTGGTCAACTAAGGCCGGCATGAAGGGCTGCTCAGAGCGCTTGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGTGGCGCGTCTGATGATGATTGGGAGGGGGAGTTCTTCCCCGGCGTCCCGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 695

GCGCGTTTCCTGGTCAACTAAGGCCGGCATGAAGGGCTGCTCAGAGCGCTTGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGTGGCGCGTCTGATGATGATTGGGAGGGGGAGTTCTTCCCCGGCGTCCCGA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1026

GCGCGTTTCCTGGTCAACTAAGGCCGGCATGAAGGGCTGCTCAGAGCGCTTGCTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTCGTTACTGTCCGCTGTGgtcagttgct ... tccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGTGGCGCGTCTGATGATGATTGGGAGGGGGAGTTCTTCCCCGGCGTCCCGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaataggagacattgtcgttgtggttctgatcttggttcggccgctccatgttagATTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCCGCCGACCTCGACAGCAAATGCGATGGTGGCGCGTCTGATGATGATTGGGAGGGGGAGTTCTTCCCCGGCGTCCCGA
                        ttctgat  putative branch site (score: 1026)
                                         ccgctcc  putative PPT