Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agttcccagttggtgtagaactagtacctagttttgatagttgctagatgatgctatgccatatcttgttatggctactaattccattggttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTACCTTGCCAGCTGAGGAAGTGCCCCCAGAGATCCCTGAACCAGCATTAGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G080917_T03
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G080917_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g66420.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
agttcccagttggt-gtagaactagtacctagttttgatagttgctagatgatgctatgc-catatcttgttatggctactaattccattggttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTACCTTGCCAGCTGAGGAAGTGCCCCCAGAGATCCCTGAACCAGCATTAGG
 |  |  |  | || ||||| | | | |  || | |||    |  ||          ||  | ||   | |||||| |||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
tgggcatacatagtagtagagcaacttctaagctctgaacactattactcagcagattgttcgtagggt-ttatgggtactaattcttctg-ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTTTATGGATATCCTAATGAAACATGGGAGGTGACCTTGCCAGCTGAGGAAGTGCCCCCAGAGATCCCTGAACCAGCATTGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211520810|gb|FL147604.1|FL147604
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|148945591|gb|EC890845.2|EC890845
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211520816|gb|FL147610.1|FL147610
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211520809|gb|FL147603.1|FL147603
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211455959|gb|FL147587.1|FL147587
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211455961|gb|FL147589.1|FL147589
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211455967|gb|FL147595.1|FL147595
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211520807|gb|FL147601.1|FL147601
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211520803|gb|FL147597.1|FL147597
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211523805|gb|FL147613.1|FL147613
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211455963|gb|FL147591.1|FL147591
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211520815|gb|FL147609.1|FL147609
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|60356472|gb|DN223445.1|DN223445
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|50326049|gb|CO521175.1|CO521175
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211520805|gb|FL147599.1|FL147599
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211455964|gb|FL147592.1|FL147592
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211455965|gb|FL147593.1|FL147593
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211520813|gb|FL147607.1|FL147607
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|78106946|gb|DV525364.1|DV525364
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|148997618|gb|EE035837.2|EE035837
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211520814|gb|FL147608.1|FL147608
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTW
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211520811|gb|FL147605.1|FL147605
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211455962|gb|FL147590.1|FL147590
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211520812|gb|FL147606.1|FL147606
EST:     GATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGTACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: GATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: gi|211520806|gb|FL147600.1|FL147600
EST:     ATGTGGAGAAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGA
genomic: ATGTGGAGA-GGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGA
EST: gi|211520808|gb|FL147602.1|FL147602
EST:     ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG                         AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agatgatgctatgccatatcttgttatggctactaattccattggttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTACCTTGCCAGCTGAGGAAGTGCCCCCAGAGATCCCTGAACCAGCATTAGG
                              tactaat  putative branch site (score: 1)
                              tactaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agttcccagttggtgtagaactagtacctagttttgatagttgctagatgatgctatgccatatcttgttatggctactaattccattggttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTACCTTGCCAGCTGAGGAAGTGCCCCCAGAGATCCCTGAACCAGCATTAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC