1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ccacactttaaagtgtttgtaattcccctgtcttgttgagagatattttaaatgaaattgttggttcctcttggatcatatatttcccttgatatttcagTTCTTGAAGTCGGTGATGGTGTTTTCGAGGTGCTGTCTACATCAGGTGACACTCACCTTGGTGGTGATGACTTTGACAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G079668_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAAACAATTCTGGTTTTTGACCTCGGAGGTGGCACCTTCGATGTTTCAG TTCTTGAAGTCGGTGATGGTGTTTTCGAGGTGCTGTCTACATCAGGTGACAEST: gi|71446645|gb|DR827695.1|DR827695
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genomic: TGAAACAATTCTGGTTTTTGACCTCGGAGGTGGCACCTTCGATGTTTCAGgtatctgtcc ... gatatttcagTTCTTGAAGTCGGTGATGGTGTTTTCGAGGTGCTGTCTACATCAGGTGACA
EST: ACCTTTGATGTTTCAG TTCTTGAAGTCGGTGATGGTGTTTTCGAGGTGCTGTCTACATCAGGTGACAEST: gi|87153250|gb|DY398039.1|DY398039
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genomic: AACAATTCTGGTTTTTGACCTCGGAGGTGGCACCTTCGATGTTTCAGgtatctgtcc ... gatatttcagTTCTTGAAGTCGGTGATGGTGTTTTCGAGGTGCTGTCTACATCAGGTGACA
ttttaaatgaaattgttggttcctcttggatcatatatttcccttgatatttcagTTCTTGAAGTCGGTGATGGTGTTTTCGAGGTGCTGTCTACATCAGGTGACACTCACCTTGGTGGTGATGACTTTGACAAG
ccttgat putative branch site (score: 245)
tttcccttg CT-rich tract
atcatatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccacactttaaagtgtttgtaattcccctgtcttgttgagagatattttaaatgaaattgttggttcctcttggatcatatatttcccttgatatttcagTTCTTGAAGTCGGTGATGGTGTTTTCGAGGTGCTGTCTACATCAGGTGACACTCACCTTGGTGGTGATGACTTTGACAAG
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