ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

...cattaattcttgtgttaaaaaatgctacctaaggttgttaccctgtccagtattacagttagtctagttctccttactaacatgcttgttttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTTAGTGCTCCTGTGCACTATGAGGGTCTGTTCATTTTCTGATGA

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G074300_T04
intron #	2
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G074300_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1

---cattaattcttgtgttaaaaaatgctacctaaggttgttaccctgtccagtattacagttagtctagttctccttactaacatgcttgttttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTTAGTGCTCCTGTGCACTATGAGGGTCTGTTCATTTTCTGATGA
      | ||  | |  ||   |  ||  | |||  |  |    | | ||   | || |  | ||    ||  |  |  |||| ||| ||||||    | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||                                             
accttgttatggtagctttgttatgtgtgagctagtgcggaagtcgt-tctgatgtttctttcagat--gtcattgtctctaatatgtttgtttacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG---------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G074300_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3

cattaattcttgtgttaaaaaatgctacctaa-ggttgttaccctgtccagtattacagttagtctagttctccttactaacatgcttgttttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTT-CGCTTTGTTATGGAGAGTGG-TGCCAAGGGTTGTGAGGTTAGTGCTCCTGTGCACTATGAGGGTCTGTTCATTTTCTGATGA-
             ||       |  || |||   |   ||   ||   | | | ||  | | |   |  |    || |||  | | |   |  |    ||| ||      |   |||||   |   || | |  |   ||   || | || |||| | |  ||||||   || || ||||  |  | || |      |  ||| 
-------------gtgtgtgcctcgtatctattagactttgtactaatccgcactattgcttgatcaccttgattttctacgaggttaactgcgcgttcagagctcagcgtatcgttctgatgtgctgatcttaaatctgaacgctagGGCTTGTTACGG-AGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|18661874|gb|BM501626.1|BM501626

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGG

EST: gi|211512000|gb|FL197080.1|FL197080

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|9254179|gb|BE344647.1|BE344647

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGCTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|211374869|gb|FL197001.1|FL197001

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|9952937|gb|BE639520.1|BE639520

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|211507278|gb|FL197062.1|FL197062

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGC-TGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGC
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGC

EST: gi|211372204|gb|FL196985.1|FL196985

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|148991020|gb|EE032461.2|EE032461

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|211504914|gb|FL197044.1|FL197044

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|148933725|gb|EC877641.2|EC877641

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCCCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCCAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|211502560|gb|FL197032.1|FL197032

EST:     GGCTGAGTCCCTCCGCTANCA-GCTCCTCGGAGGCCTTGCCCGTC-GGAG                         GGGCTGCTATGGTGTTCTTC
genomic: GGCTGAGTCCCTCCGCTA-CAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCC-GTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTC

EST: gi|84351642|gb|DW246047.1|DW246047

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAAGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|15053894|gb|BI359439.1|BI359439

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGTCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGCGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|148956519|gb|EC902358.2|EC902358

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTC
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTC

EST: gi|211372206|gb|FL196987.1|FL196987

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTNGT-ATGGAGAGTGGTGC-AAGGGGT
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTT-GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTT

EST: gi|211372200|gb|FL196981.1|FL196981

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGKTCTTCGCTTTGKTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|211128259|gb|FL391803.1|FL391803

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGC-ATGGTGTTCTTCGCTTTGT-ATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|211374868|gb|FL197000.1|FL197000

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGKGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

EST: gi|71318882|gb|DR796199.1|DR796199

EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 150

TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTTAGTGCTCCTGTGCACTATGAGGGTCTGTTCATTTTCTGATGA

Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 104

Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 119

Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 64

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tccagtattacagttagtctagttctccttactaacatgcttgttttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTTAGTGCTCCTGTGCACTATGAGGGTCTGTTCATTTTCTGATGA