1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatttgttctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G074300_T03 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|110195743|gb|EC877640.1|EC877640
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|5455784|gb|AI833474.1|AI833474
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|15053893|gb|BI359438.1|BI359438
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGCGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|29576817|gb|CB616929.1|CB616929
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|211129665|gb|FL448923.1|FL448923
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|211286416|gb|FL307757.1|FL307757
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: TGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|28568922|gb|CB280797.1|CB280797
genomic: TGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCCAGGGTTGTGAG GTCCTTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCCTGAAGTTCEST: gi|37397796|gb|CF636206.1|CF636206
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|211289717|gb|FL361719.1|FL361719
genomic: GGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: TGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAG-CAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|111193194|gb|EE291330.1|EE291330
genomic: TGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|29129878|gb|CB380582.1|CB380582
genomic: GTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: TCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTCCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|4886195|gb|AI677315.1|AI677315
genomic: TCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|6127310|gb|AW129835.1|AW129835
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
tcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatttgttctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
ttctaat putative branch site (score: 2)
tttgttct CT-rich tract
ttatttgttctaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatttgttctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG