Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctcaaccatttcttgtggtcattagcaattcttactcgaacatgttattatctattatcctgattgatgctgaatttttaggcatattaccttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G073774_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g06460.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
ctcaaccatttcttgtggtcattagcaattcttactcgaacatgttattatctattatcctgattgatgc-tgaatttttaggcatattacct-tgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG
     | ||| | ||||| | || |  ||      |    |   || || | | ||    ||  |  ||| | |||  ||| ||  |||  || |  |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| |
-aggcctattacctgtggcctttgggcatcggctgtttt-ctcattcttgtgtgttgcattgtgtcctgcataaatcattaagcccattctctgtacaacagGTTTCATCCCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTCGCCTCTAAAATCCGAAGCAACTTGACTAATTCAATGAAAGCTCTGG

upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA07G37050.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
ctcaaccatttcttgtggtcattagcaattcttactcgaacatgttattatctattatcctgattgatgctgaatttttaggcatattaccttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG
  ||||||  |  |  |   ||||  |  |  ||   |   |  || |    |  |   |   |  ||| | | |||       | ||  || ||   |||||||  || | || |||||||||||||  || ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || |
gacaaccaaattcttagaatattattacatggtagatgtgtagattgtagagtgattgacacttacatgattattttgctttattttttgctcgttttagGTTTCTGCTGCCGGCTATGACAGACAAGGAGTCGCTGATCATGCTAATAATCTTGCTTCGAAAATCCGTAATAACTTGACCAACTCAATGAAAGCGCTTG

upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA15G15310.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
-ctcaaccatttcttgtggtcattagcaattctta-----ctcgaacatgttattatctattatcctgattgatgctgaattt----ttaggcatattaccttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG
    ||   ||   || |      |       |||      | ||| ||  |    |  || |    ||     | ||   ||    ||||     ||   ||||   |||||||  || |||  |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||  ||||||||| |||||  | ||||| || |
gtaaaagtgttgtgtgagaatgcaaattgggtttagaactttagaatatagtgcgcttcatgaaagagagattcgttgtgcttatgattagttggtttgtgttgtcttagGTTTCTGCTGCTGAGTATGACAGACAAGCAGTTGCTGACCATGCTAATAATCTTGCTTCGAAAATTCGTGGCAACTTGACCAACTCCTTAAAAGCACTTG

upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA17G03560.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
ctcaaccatttcttgtggtcattagcaattcttactcgaacatgttattatctattatcctgattgatgctgaatttttaggcatattaccttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG
 ||||| |  |  |  |   ||||  |  |  ||   |   |   | |    |  |   | | |  ||  | | |||       | ||  || ||   |||||||  || |||| |||||||||||||  || ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||  || ||||| |||||||||||||| || |
gtcaactaaattcttagaatattattacatggtagatgtgtagagtgtagagtgattgacagttaaataattattttgctttattttttgctcgttttagGTTTCTGCTGCTGGCTATGACAGACAAGGAGTCGCTGATCATGCTAATAACCTTGCTTCGAAAATCCGTAATAATTTGACCAACTCAATGAAAGCACTTG

upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv14s0060g01410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
-ctcaaccatttcttgtggtcattagcaattcttactcgaacatgt---tattatctattatcctgattgatgctgaatttttaggcatattaccttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG
  |||  || |           ||   |  | ||  |||||  |||    || | ||    || |||   ||| |||  ||||    ||     ||  | | ||||| |  |  |||| ||||| || ||||  || |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |  |||||||| || ||| |||| | ||| |
gttcatgcactctgctcttgggttgttacattttgttcgaatttgtatgcatcaacttcagtcatgagatatgatgatgttttgaagat----tctgatgatagGTTGCTGCAGCTGGGTATGATAGGCAAGGAGTAGCTGATCATGCAAATAATCTTGCCTCAAAAATCAGAAGTAACTTGACCAATTCATTGAAGGGTCTTG

upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv14s0060g01330.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
-ctcaaccatttcttgtggtcattagcaattcttactcgaacatgt---tattatctattatcctgattgatgctgaatttttaggcatattaccttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG
  |||  || |        |  ||   |    ||  | |||  |||    || | ||    || |||   |||  ||  ||||    ||     ||  | | ||||| |  |  |||| ||||| || ||||  || |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |  |||||||| || ||| |||| | ||| |
gttcatgcactctgctgtttggttgttacccattgttggaatttgtatgcatcaacttcagtcatgagatatgacgatgttttgaagat----tctgatgatagGTTGCTGCAGCTGGGTATGATAGGCAAGGAGTAGCTGATCATGCAAATAATCTTGCCTCAAAAATCAGAAGTAACTTGACCAATTCATTGAAGGGTCTTG

upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ16882 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
ctcaaccatttcttgtggtcattagcaattcttactcgaacatgttattatctattatcctgattgatgctgaatttttaggcatattaccttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG
                        | || |  ||   |   ||   ||    |  ||    | |  | | ||||||| |        |   ||     ||||| |  |  | || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||| | | |||||||   ||| | || || || ||||| ||||| |
------------------------gtaagttctagctgg-tattggatcgagttctaggaagctctacg-tgaatttcttctttcgcttttttccg-tagGTTGCTGCGGCGGGCTATGACAGACAAGCCGTCGCTGATCACGCAAACAATCTCGCCACCAGAATCCGTGCAAACCTCACGAATTCTATGAAGGCTCTGG

upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ06739 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
ctcaaccatttcttgtggtcattagcaattcttactcgaacatgttattatctattatcctgattgatgctgaatttttaggcatattaccttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG
                        | || |  ||   |    |   ||    |  ||    | |  | | ||||||| |        |   ||     ||||| |  |  | || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||  | | |||||||   ||| | || || || ||||| ||||| |
------------------------gtaagttctagctgg-tgttggatcgagttctaggaagctctacg-tgaatttcttctttcgcttttttccg-tagGTTGCTGCGGCGGGCTATGACAGACAAGCCGTCGCTGATCACGCAAACAATCTCGCTACCAGAATCCGTGCAAACCTCACGAATTCTATGAAGGCTCTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76930812|gb|DV172515.1|DV172515
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|211514679|gb|FL210543.1|FL210543
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|74241377|gb|DT649291.1|DT649291
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|148935731|gb|EC879774.2|EC879774
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|93015718|gb|EB641238.1|EB641238
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGGTGCTGATCATGCAAACAA
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCC-TCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAA
EST: gi|211514677|gb|FL210541.1|FL210541
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|67016819|gb|CO445568.1|CO445568
EST:     TAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|149080928|gb|EE170014.2|EE170014
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|149105215|gb|EE290703.2|EE290703
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|71305164|gb|DR788719.1|DR788719
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|211514673|gb|FL210537.1|FL210537
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|211514680|gb|FL210544.1|FL210544
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|149109075|gb|EE189994.2|EE189994
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|211514674|gb|FL210538.1|FL210538
EST:     GAATGCGGNAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|6021434|gb|AW066362.1|AW066362
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTG
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTG
EST: gi|71444407|gb|DR825457.1|DR825457
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|148974340|gb|EE025114.2|EE025114
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|211517024|gb|FL210545.1|FL210545
EST:     GAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|148962188|gb|EE013003.2|EE013003
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|148969109|gb|EE019845.2|EE019845
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|149014894|gb|EE044611.2|EE044611
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|149086903|gb|EE176446.2|EE176446
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 99

TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 86

TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 60

TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 194

TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattatctattatcctgattgatgctgaatttttaggcatattaccttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG
                                         ttacctt  CT-rich tract
                         tgaattttta  TA-rich tract