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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgtgcattcagctgccaagtcattccattcacatctatgcttctgattatttgttatctgcaacgatttatgagttggctcctctcagATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCGACCAAAGACTGTCGAGAAAGCTCAAGCTGCATTCCTCCTATGGGTGGAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G068755_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g60040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtgtgtgcattca-gctgccaagtcattccattcacatctatgcttctgattatttgttatctgcaacgatttatg-agttggctcctctcagATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCGACCAAAGACTGTCGAGAAAGCTCAAGCTGCATTCCTCCTATGGGTGGAA
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gtgcgtgcggtcatgatgctagatcattcactgttcggctgtacttctgattgtatttt---tccaatgatatgtgtaattggttggctccagGTATGCTAAGGAGGTCTGTGATGCGATTGTCGCCAAATGCCTCACTGGCCGGCCTAAGACGGTTGAGAAGGCTCAGGCTGCATTCCTCCTTTGGGTGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71441120|gb|DR822170.1|DR822170
EST:     CTCGATGCCCTTCTCGCGTTCCAGCGAGCTGCTGACGCCGATGCATCAAG                         ATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCG
genomic: CTCGATGCCCTTCTCGCGTTCCAGCGAGCTGCTGACGCCGATGCATCAAGgtgtgtgcat ... ctcctctcagATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCG
EST: gi|211192783|gb|FL428804.1|FL428804
EST:     CTCGATGCCCTTCTCGCGTTCCAGCGAGCTGCTGACGCCGATGCATCAAG                         ATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCG
genomic: CTCGATGCCCTTCTCGCGTTCCAGCGAGCTGCTGACGCCGATGCATCAAGgtgtgtgcat ... ctcctctcagATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCG
EST: gi|18963449|gb|BM660441.1|BM660441
EST:     CTCGATGCCCTTCTCGCGTTCCAGCGAGCTGCTGACGCCGATGCATCAAG                         ATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCG
genomic: CTCGATGCCCTTCTCGCGTTCCAGCGAGCTGCTGACGCCGATGCATCAAGgtgtgtgcat ... ctcctctcagATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCG
EST: gi|87152945|gb|DY397734.1|DY397734
EST:     CTCGATGCCCTTCTCGCGTTCCAGCGAGCTGCTGACGCCGATGCATCAAG                         ATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCG
genomic: CTCGATGCCCTTCTCGCGTTCCAGCGAGCTGCTGACGCCGATGCATCAAGgtgtgtgcat ... ctcctctcagATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCG
EST: gi|30591281|gb|CD052294.1|CD052294
EST:     CTCGATGCCCTTCTCGCGTTCCAGCGAGCTGCTGACGCCGATGCATCAAG                         ATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCG
genomic: CTCGATGCCCTTCTCGCGTTCCAGCGAGCTGCTGACGCCGATGCATCAAGgtgtgtgcat ... ctcctctcagATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctatgcttctgattatttgttatctgcaacgatttatgagttggctcctctcagATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCGACCAAAGACTGTCGAGAAAGCTCAAGCTGCATTCCTCCTATGGGTGGAA
       ttctgat  putative branch site (score: 3)
                                             ctcctctc  putative PPT
          tgattatttgttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtgtgtgcattcagctgccaagtcattccattcacatctatgcttctgattatttgttatctgcaacgatttatgagttggctcctctcagATACGCGAAGGAGGTCTGTGATTCAATCGTGGCCAAGTGCCTCACTGGCCGACCAAAGACTGTCGAGAAAGCTCAAGCTGCATTCCTCCTATGGGTGGAA

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